Бабушка Софьи Владимировны никогда не любила невестку и боялась «тлетворного влияния на впечатлительную внучку Софью той среды, в которой вращалась ее мать». К тому же она опасалась, что деньги, выдаваемые на содержание девочки, пойдут, хоть частично, на революционную пропаганду, и подала прошение «об отобрании» ее у матери. В октябре 1882 года к Анастасии Сергеевне явился петербургский градоначальник и объявил, что по Высочайшему повелению он прибыл отобрать ее одиннадцатилетнего ребенка и доставить в Екатерининский институт. Это была неслыханная в то время мера. Дочь, по личному приказу Александра III, отняли у матери и отдали на попечение бабушки, которая записала ее в Екатерининский институт! Анастасия Сергеевна и Софья испытали настоящее потрясение.
Впоследствии Софья, как свидетельствуют ее родственники, «будучи любящей дочерью и оставаясь полностью лояльной к своей подчас шалой, но обожающей ее матери… никогда не упрекала бабушку, понимая, что та желала лишь ее счастья». Старая графиня, всегда настолько холодная и строгая, что ее боялись собственные дети, «так внучку уважала и ценила, что она была, быть может, единственным ее любимым человеком». И Софья, став взрослой, вернулась к Наталии Павловне и провела с ней ее последние годы.
В апреле 1890-го, не без стараний бабушки, юная институтка вышла замуж за А. А. Половцева, блестящего офицера Конногвардейского полка, сына известного сановника, близкого друга императорской семьи. На свадьбе Александр III был посаженным отцом Софьи Владимировны. Этот великосветский брак оказался недолгим: последовала шумная и малосимпатичная история развода, причиной которого «послужили гомосексуальные наклонности» Половцева.
Несомненно, что и потрясения в детстве, и роковое замужество глубоко отразились на тонкой, впечатлительной натуре Софьи Владимировны. Неудивительно, что в ней замечали «какое-то отрешение от личной жизни». И вполне понятно ее поступление на Высшие женские педагогические курсы. В 1890 году она встретилась с Александрой Васильевной Пошехоновой, тридцатидевятилетней учительницей, которая жила высокими идеалами Великих реформ 1860-х. Эта районная учительница Петербурга оказала определяющее влияние на мировоззрение Софьи, о чем и сама поведала в своих воспоминаниях «На петербургской окраине».
А началось все с того, что Пошехонова задумала устроить бесплатную столовую для необеспеченных учеников начальных училищ Лиговки и попросила Панину принять в этом материальное участие. Та дала деньги, и в октябре 1891 года столовая открылась. Только на столовую за первые двенадцать лет ее существования Панина истратила почти 430 тысяч рублей. Софья Владимировна могла расходовать огромные средства на благотворительность: в 1892 году, став совершеннолетней, она начала самостоятельно распоряжаться процентами со своего капитала, а после смерти бабушки Наталии Павловны (1899) оказалась наследницей несметного состояния Паниных. Ей принадлежали имения в Гаспре (рядом с Ялтой), где отдыхали многие выдающиеся люди России (Лев Толстой, Чехов и др.), в Марфине (ее любимое имение) и в Воронежской губернии, а также дома в столице, фамильные художественные и ювелирные ценности и многое другое.
На ее средства в 1903 году в Петербурге, по проекту архитектора Л. Н. Бенуа, был построен Народный дом: и в его теперешнем состоянии им мог бы гордиться любой европейский город. Уже в эмиграции племянник Паниной несколько ехидно спросил ее: «А как смотрели родственники на то, что ты так щедро расстаешься с семейным наследством?» Она рассмеялась: «Знаешь, меня всегда считали немного эксцентричной, но открыто, конечно, никто не осуждал, тем более что и твой дед, и бабушка Вяземские всецело меня поддерживали. С дедом я только спорила – следует ли, как я считала, все давать даром, или, как твой дед считал, даже обездоленные должны понять, что ничего в жизни „даром“ не дается, а не то развивается в людях паразитизм».
Когда началась работа с Пошехоновой на Лиговке, в Александро-Невской части Петербурга, Софью Панину поразила жизнь здешних обитателей. Вспоминая об этом, она восклицала: «До чего убога, сера и скучна была жизнь русского окраинного обывателя!» И тогда, в конце XIX века, задалась вопросом: «Как уберечь человека, постоянно погруженного в тоску такой беспросветно-нудной жизни, от раздражения и склоки, от отчаяния и злобы, ведущих к пьянству, преступлениям, к политическим эксцессам?» Она полагала, что одного «просвещения» мало, недостаточен также благоустроенный труд. Решающим в жизни человека, по ее мнению, является не труд, а досуг. Только в часы досуга есть место для любви и радости, «для всего того, что превращает робота в человека и человека в личность». Она поставила перед собой «задачу создания какого-то нового симбиоза просвещения, развлечения и воспитания населения. Этот симбиоз и есть то, что мы называем культурой».