Новая власть готовилась к первому в истории России суду революционного трибунала. Петроградский ревтрибунал был создан 3 декабря 1917 года. Его председателем стал старый большевик, столяр завода «Эриксон» И. П. Жуков. Следственную комиссию Петроградского Совета, занимавшуюся «делом Паниной», возглавляли М. Ю. Козловский и П. А. Красиков. Ни «присяжных поверенных», ни прокуроров не предполагалось, и Паниной разрешили взять себе в качестве адвоката того, кого она пожелает. Софья Владимировна остановилась на Я. Я. Гуревиче. Он был директором частной гимназии и сотрудником театрального отдела Народного дома, редактором журнала «Русская школа» и председателем комиссии по народному образованию городской думы; после Октября продолжал трудиться на ниве народного образования, являлся активным функционером кадетской партии. Гуревич полагал, что страна находится в состоянии «современного всенародного распада, национального банкротства, гибели огромных культурных ценностей». И о суде над Паниной имел четкое представление. С одной стороны, «яркая личность, выдающаяся русская женщина, носительница прочно сложившихся культурных традиций, испытанная общественная работница русского просвещения»; с другой стороны – «группа авантюристов, захватившая насильственно власть, провозгласившая себя народным правительством, правительством рабочих, солдат и крестьян, накануне всенародного Учредительного Собрания… А между ними, между испытанной культурой и безудержной стихией революции – народный суд, именуемый народным трибуналом. Он, только что народившийся, открывает свою ответственную деятельность с рассмотрения дела, в котором столкнулись с такой исключительной контрастностью лучшие заветы прошлого с бешеным и сумбурным призывом к новому, такому, какого еще не видел свет».
Гуревич по доверенности Паниной ознакомился с ее делом в Следственной комиссии. Им также была разрешена встреча накануне суда. Во время продолжительной беседы, без свидетелей и не через решетку, а в дежурной комнате, Панина сообщила, что «со стороны тюремной администрации и низших служащих отношение к ней безупречное, даже внимательное». Настал день суда – 10 декабря 1917 года. Революционный трибунал заседал в бывшем доме вел. кн. Николая Николаевича на Петроградской стороне. Все подступы к дому заполнила толпа: зал не вмещал всех желающих присутствовать на процессе. Были приняты меры, чтобы «впустить побольше большевистских сторонников из простого народа». Но в зале оказалось также много интеллигенции.
Когда Панина вошла в судебный зал, вся публика встала и устроила ей шумную овацию. За судейским столом, который стоял на эстраде, разместились председательствующий рабочий И. П. Жуков (в свое время ученик вечерних классов организации, родственной Народному дому) и шестеро заседателей – от петроградских предприятий. Суд задумывался новой властью как показательный. На процессе присутствовал нарком юстиции Стучка. Гуревич был прав, характеризуя процесс уже постфактум: «Дело гр. С. В. Паниной в революционном трибунале заслуживает общественного внимания в настоящем и должно сделаться достоянием истории в будущем, так как оно характерно не только для действующих лиц, но и для эпохи, которая его породила». В современной литературе отмечается, что Панину судили «главным образом за то, что она являлась активным членом ЦК партии кадетов, объявленной советским правительством партией врагов народа, и это уже была расправа за убеждения, за принадлежность к определенной политической группировке». Закономерно, что «Вестник партии „народной свободы“» поместил на своих страницах подробный отчет о заседании ревтрибунала по этому делу (№ 31, 28 декабря 1917).