Пятого января 1943 года митрополит Сергий (Страгородский) отправил Верховному главнокомандующему И. В. Сталину телеграмму, в которой сообщал, что начат сбор пожертвований на танковую колонну имени Дмитрия Донского и уже собрано 500 000 рублей. В связи с этим он просил открыть в Госбанке специальный счёт. В ответной телеграмме Сталин передавал привет православному русскому духовенству и верующим и «благодарность Красной армии за заботу о бронетанковых силах Красной армии». В конце было прибавлено: «Указание об открытии специального счёта в Госбанке дано».
На освобождённых от фашистов территориях открытые в годы оккупации храмы в большинстве случаев уже не закрывались, а духовенство, служившее в них при немцах, как правило, не подвергалось преследованию. Но всё же оставалось ещё немало противоречий. И даже такая инициатива, как шефство над местным госпиталем и пасхальный концерт для раненых силами церковного хора в Калуге, вызывала опасение у местной власти. В свою очередь НКГБ принял меры к «недопущению впредь попыток со стороны церковников входить в непосредственные сношения с командованием госпиталей и ранеными под видом шефства».
И всё же с весны 1943 года в правительстве начал обсуждаться вопрос о проведении нового курса в религиозной политике. За предшествующие месяцы войны число правящих архиереев в пределах РСФСР возросло с двух до двадцати, семеро из которых были хиротонисаны.
Одновременно разрабатывалась идея встречи Сталина с иерархами РПЦ, к подготовке которой были привлечены органы НКГБ. С июля проводились консультации с находившимся в Москве митрополитом Николаем (Ярушевичем) и управляющим делами Московской Патриархии протоиереем Николаем Колчицким.
Митрополит Сергий (Страгородский), несомненно, знал о готовящейся встрече с советским руководством и, вероятно, ещё до возвращения из Ульяновска в столицу 31 августа предполагал, что такая встреча может состояться в начале сентября. Об этом косвенно свидетельствует телеграмма-молния, отправленная им митрополиту Алексию (Симанскому) с предложением срочно «явиться в Москву в Патриархию не позднее 5 сентября».
Судьбоносная встреча Председателя Совета народных комиссаров СССР, Верховного главнокомандующего И. В. Сталина и иерархов Русской Православной Церкви митрополитов Сергия (Страгородского), Алексия (Симанского) и Николая (Ярушевича) состоялась 5 сентября 1943 года.
Согласно записям дежурного секретаря приемной Сталина, встреча началась в 00.40 и закончилась в 2 часа ночи. На встрече присутствовали также В. М. Молотов и Г. Г. Карпов. Сталин положительно оценил патриотическую деятельность Русской Церкви и предложил митрополитам «высказаться об имеющихся у патриархии и у них лично назревших, но не разрешенных вопросах». Митрополит Сергий сказал, что «наиболее назревшим является вопрос о центральном руководстве» РПЦ и необходимости созвать Архиерейский Собор для избрания Патриарха и Священного Синода. Собор был назначен на 8 сентября. Титуловать новоизбранного Патриарха было решено «Московским и всея Руси».
Чтобы восполнить нехватку образованного духовенства, митрополиты Сергий и Алексий просили разрешения на открытие богословских курсов при некоторых епархиях. Сталин изъявил готовность открыть даже семинарии и академии. Что и было со временем осуществлено.
Также было разрешено возобновить службы в ранее закрытых церквах, издавать «Журнал Московской Патриархии» и открыть епархиальные свечные заводы.
На просьбу митрополита Алексия об освобождении некоторых архиереев из тюрем, лагерей и ссылок Сталин попросил предоставить список, который обещал рассмотреть.
Центральному церковному управлению был передан особняк в Чистом переулке, с имуществом и мебелью, предоставлены денежные субсидии от государства, снабжение продуктами по государственным ценам. Что в условиях войны было немаловажным.
Для связи между Церковью и правительством было решено образовать Совет по делам Русской Православной Церкви во главе с председателем Г. Г. Карповым. Сталин, обращаясь к Карпову, сказал: «…помните: во-первых, что вы не обер-прокурор; во-вторых, своей деятельностью больше подчёркивайте самостоятельность Церкви».
Итоги встречи превзошли все возможные в то время ожидания.
В Архиерейском Соборе, состоявшемся в Москве 8 сентября 1943 года, участвовали девятнадцать епископов.
Собор единогласно избрал митрополита Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси. Постоянными членами Синода были избраны митрополиты Алексий (Симанский) и Николай (Ярушевич), а также архиепископ Горьковский Сергий (Гришин). Временными членами Синода были приглашены архиепископ Куйбышевский Алексий (Палицын), архиепископ Красноярский Лука (Войно-Ясенецкий) и архиепископ Ярославский Иоанн (Соколов).
Собор принял декларацию «о том, как смотрит Православная Церковь на изменников Родины», в которой осуждал духовенство и мирян за радушную встречу оккупантов, переход к ним на службу и передачу в руки нацистов своих собратьев, в том числе партизан.