Священнику запрещено применять оружие, но не запрещено помогать защитникам Отечества от нашествия иноплеменных, спасать беззащитных детей и немощных. Во время Мамаева нашествия преподобный Сергий благословил на ратный подвиг Александра Пересвета и Андрея Ослябю. «Свои обиды можно и стерпеть, а своих близких надо защищать, ибо
И в эту войну отец Иоанн Лойко, настоятель церкви села Хворино Пинской области принародно благословил трёх своих сыновей вступить в партизанский отряд. Случилось так, что партизанам пришлось покинуть село. Отец Иоанн остался с односельчанами, которые не смогли уйти вместе с ними. Триста прихожан вместе со своим батюшкой были сожжены карателями в храме во время богослужения.
И эта трагедия была не единственной. В Витебской области было сожжено пять церквей. Столько же в Гомельской области.
Нацисты, пытаясь использовать недовольство антицерковной политикой советской власти, позволяли открывать церкви, но при малейшем подозрении на сопротивление оккупационным властям не задумываясь сжигали их, зачастую вместе с людьми.
Партизаны через своих связных распространяли в церквах патриотическую литературу. В том числе воззвания Патриарха Сергия и другие листовки, изданные Московской Патриархией.
Такое послание получил, а затем стал распространять в переписанном виде среди верующих протоиерей Василий Копычко, настоятель Одрижской Свято-Успенской церкви Брестской области. Партизаны установили постоянную связь с отцом Василием. Вскоре его дом стал местом встреч подпольщиков с партизанами и их связными. Отважный пастырь рассказывал жителям окрестных деревень о положении на фронтах, призывал противостоять захватчикам, размножал и передавал сводки Совинформбюро, партизанские листовки, которые были адресованы солдатам-власовцам и полицаям. Отец Василий собирал продукты питания для раненых партизан.
В конце 1943 года гестапо узнало о сотрудничестве священника с партизанами. Карательный отряд особого назначения получил приказ совершить публичную казнь отца Василия и его семьи. В ту же ночь он был перевезён в партизанский отряд. На рассвете каратели подожгли храм и опустевший церковно-приходский дом. За заслуги перед Родиной протоиерей Василий Копычко был награждён орденом Отечественной войны II степени, медалями «Партизану Отечественной войны» I степени, «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
Всякая связь с партизанами жестоко каралась оккупационной властью. Были расстреляны или сожжены фашистами десятки священнослужителей. Немцами были расстреляны священник Николай Иванович Михайловский, настоятель Свято-Воздвиженской церкви деревни Рогозино Брестской области, священник Новик с женой и детьми. После зверских пыток расстрелян священник Павел Щерба. За связь с партизанами была расстреляна немцами семья священника Виталия Михайловича Боровского из деревни Лаша. Гестаповцы расстреляли священника Малишеского в городе Слониме Барановичской области. В селе Ящерово Гатчинского района за антигерманскую агитацию были расстреляны оба священника местной церкви.
Настоятеля храма в деревне Кобыльники Петра Бацяна гестапо арестовало за помощь евреям. Над ним жестоко издевались в минской тюрьме: запрягали в плуг и пахали тюремный огород, травили собаками до тех пор, пока священник не умер.
Протоиерей Павел Сосновский выдавал людям справки о благонадёжности. Во время облавы был арестован человек с такой справкой. Отец Павел был арестован СД и зверски замучен.
Постоянно помогал разведывательной группе под командованием Михаила Шершнёва из бригады имени Чапаева отец Николай Хильтов и его брат, тоже священник Георгий Хильтов. Оба брата были арестованы. Жёны священников Хильтовых Наталья и Лидия вместе с детьми поехали в город Барановичи, надеясь узнать о судьбе мужей. Но из Барановичского СД (служба безопасности СС) жёны не вернулись и были вместе с мужьями замучены в концентрационном лагере Колдычево.
Настоятель церкви в Старом Селе Ровенской области Николай Пыжевич вместе с семьёй с первых дней войны помогал партизанам, в домах верных ему людей размещал тяжелораненых, которых впоследствии лечили всем миром. В сентябре 1943 года отряд карателей заживо сжёг в собственном доме отца Николая и его семью.
Гитлеровцы не только давали разрешения на открытие церквей, но и безжалостно сжигали их, если была замечена связь с партизанами. Так, в Освейском районе Витебской области при проведении карательных акций было сожжено пять церквей. В октябре 1943 года в деревне Доры Барановичской области каратели уничтожили сто шесть человек, из них двадцать шесть были согнаны в церковь и там заживо сожжены.