Уже с осени 1941 года репрессии против клириков Московской Патриархии несколько сократились. За два года из лагерей на свободу вышли десятки священнослужителей, шесть архиепископов и пять епископов. В марте 1942 года власти разрешили проведение Собора епископов в Ульяновске. На нём было осуждено создание автокефальной Украинской Православной Церкви и запрещён в служении епископ Поликарп (Сикорский). Возобновились архиерейские хиротонии. В ноябре 1942 года митрополит Николай (Ярушевич) вошёл в состав Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию немецко-фашистских злодеяний в Катыни. Стало возможно открывать приходы после стольких лет разрушений.
Существенный разворот произошёл и в государственной идеологии. Вместо революционного интернационализма был провозглашён советский патриотизм, который в немалой степени опирался на предшествующие имперские традиции. Российские полководцы, ранее упоминаемые как «царские сатрапы», теперь становились вдохновителями борьбы с захватчиками. Их именами были названы новые государственные награды.
Ордена и медали в честь Александра Невского, Суворова, Кутузова, Нахимова, Ушакова встали в ряд самых почётных боевых наград. Были возвращены офицерские погоны, за которые в Гражданскую могли расстрелять без суда. В кабинете Сталина появились портреты А. В. Суворова и М. И. Кутузова. В Пасхальную ночь 1942 года в Москве, Ленинграде и ряде других городов отменили комендантский час и разрешили крестные ходы с зажжёнными свечами.
Немецкие оккупационные власти тоже пытались привлечь Церковь на свою сторону, использовать её авторитет в своих целях. Они знали о тех гонениях, которым подверглась Русская Православная Церковь в послереволюционные годы, и надеялись, как им казалось, вполне обоснованно на лояльность церковного клира и верующих. С началом оккупации началось массовое открытие храмов, ранее закрытых большевистской властью. Всего за годы оккупации были возобновлены службы в десятках тысяч церквей. Монашеская жизнь возродилась в десятках монастырей.
По благословению митрополита Сергия (Воскресенского) была создана так называемая Псковская миссия, предназначенная для открытия храмов в оккупированных областях и помощи военнопленным. За два с половиной года верующим с помощью миссии удалось возродить более двухсот приходов в Псковской, Ленинградской и Новгородской епархиях. Притом что летом 1941 года здесь действовало не более десяти храмов. Последняя церковь в самом Пскове была закрыта весной накануне войны. Однако со временем отношения православного епископата и священства с оккупационными властями стали осложняться. Протопресвитер Алексей Ионов в своих воспоминаниях писал: «Что немцы – зло, никто из нас не сомневался. Ни у кого из нас не было, конечно, никаких симпатий к завоевателям “жизненного пространства” нашей Родины. Глубокое сострадание и сочувствие к бедствующему народу, нашим братьям по вере и по крови – вот что наполняло наши сердца».
Митрополит Сергий (Воскресенский) был убит эсэсовцами в 1944 году. По некоторым данным, он имел договорённость с начальником разведывательно-диверсионного управления НКВД П. А. Судоплатовым о скоординированных действиях на оккупированных территориях. Были проведены операции под кодовыми названиями «Монастырь» и «Послушник».
В первые годы войны основная часть приходов РПЦ находилась в зоне оккупации. Здесь были целые епархии, возвратившиеся в лоно матери-Церкви после присоединения Западной Украины, Западной Белоруссии, Прибалтики, Бессарабии, Карелии, и храмы, открытые после ухода Красной армии. В то время как на советской территории оставалось около ста действующих церквей и ни одного монастыря. Лишь четыре кафедры управлялись архиереями, включая Местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Московского и Коломенского Сергия. Сотни священников и десятки архиереев по-прежнему находились в заточении и ссылках. Эти факты, казалось, должны были привлечь на сторону «веротерпимой» Германии православную паству. Но… война шла не только на полях сражений, но и в душах людей. Немцы, открывающие храмы, или Советы, разрушающие святыни и преследующие священников? Жестокий вопрос, на который нельзя было не отвечать. Ответ был найден, и решение принято. Сначала в душах людей, а затем на полях сражений.