Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 годов существенно изменилось отношение государственной власти к Русской Православной Церкви. Несмотря на то, что идеология новой политической системы, установившейся после 1917 года, была враждебна Православию и священство как сословие не принадлежало к числу строителей «светлого будущего».
22 июня 1941 года местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Московский и Коломенский Сергий (Страгородский) после праздничной Литургии в кафедральном соборе в Елохове и акафиста Всем святым, в земле Российской просиявшим, узнав о нападении германских войск на Советский Союз, написал «Послание пастырям и пасомым Христовой Православной Церкви».
«Фашиствующие разбойники напали на нашу Родину. Попирая всякие договоры и обещания, они внезапно обрушились на нас, и вот кровь мирных граждан уже орошает родную землю. Повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла шведского, Наполеона. Жалкие потомки врагов православного христианства хотят ещё раз попытаться поставить народ наш на колени пред неправдой, голым насилием принудить его пожертвовать благом и целостью Родины, кровными заветами любви к своему Отечеству.
Но не первый раз приходится русскому народу выдерживать такие испытания. С Божией помощью и на сей раз он развеет в прах фашистскую вражескую силу. Наши предки не падали духом и при худшем положении потому, что помнили не о личных опасностях и выгодах, а о священном своем долге перед Родиной и верой и выходили победителями. Не посрамим же их славного имени и мы, православные, родные им и по плоти, и по вере. Отечество защищается оружием и общим народным подвигом, общей готовностью послужить Отечеству в тяжкий час испытания всем, чем каждый может. <…>
Церковь Христова благословляет всех православных на защиту священных границ нашей Родины. Господь нам дарует победу».
Строки Послания, обращённые к духовенству, призывали утешить страдающих, напомнить колеблющимся о гражданском и церковном долге. Недопустимой называлась позиция «некасательства» к переживаемым страной событиям, а тем более поиск «выгод на той стороне границы», что приравнивалось к измене Родине и Церкви.
Послание было разослано во все епархии и приходы. Отныне почти во всех проповедях митрополит Сергий говорил о народной войне и необходимости сделать всё возможное для победы.
Православная Церковь призвала к защите «родной земли, её исторических святынь, её независимости от чужеземного порабощения». Во время молебна о победе русского воинства в кафедральном Богоявленском соборе 26 июня 1941 года митрополит Сергий обратился к своей пастве со словами: «Родина наша в опасности, и она созывает нас всех в ряды…» – и благословил на «предстоящий всенародный подвиг». С этого дня «молебен в нашествии супостатов, певаемый в Русской Православной Церкви в дни Отечественной войны» звучал во всех храмах Московского Патриархата.
В посланиях иерархов и проповедях священников Церковь не только утешала верующих в скорби, но и поощряла их к самоотверженному труду в тылу, мужественному участию в боевых операциях, поддерживала веру в окончательную победу над врагом. Церковь осуждала дезертирство, сдачу в плен, сотрудничество с оккупантами, искореняя тем самым пораженческие настроения, получившие распространение в первый период войны. Всё это создавало «нравственные условия для победы».
В ряды защитников Отчизны встали и православные миряне, и священнослужители. Встали несмотря на то, что большинство из них претерпели жестокие гонения (преследования, ссылки и тюрьмы), а многие родные и близкие приняли мученический венец за веру. Любовь к Родине оказалась выше нанесённых ран и оскорблений. В годину смертельной опасности нашему общему Отечеству Русская Православная Церковь была со своим народом.
С началом войны стала постепенно сворачиваться атеистическая пропаганда. Журналы «Безбожник», «Антирелигиозник» и другие издания Союза воинствующих безбожников перестали выпускать: якобы из-за отсутствия бумаги. В то же время на бумаге отличного качества был отпечатан 50-тысячный тираж книги «Правда о религии в России». Выпуск книги санкционировался специальным постановлением ЦК ВКП(б) от 10 марта 1942 года за № П36/259. Ответственным за его выполнение был назначен народный комиссар внутренних дел Л. П. Берия.