По прибытии в Россию он был определен на подворье Пантелеимонова монастыря в Одессе и прослужил здесь до закрытия подворья при безбожной власти в 1923 году. Лишившись храма, отец Иона перешел в Благовещенскую церковь Одессы, где прослужил до 1927 года, когда власти закрыли и эту церковь. Тогда отец Иона стал служить в храме Всех святых на кладбище, но и эта церковь в 1930 году была закрыта.
В том же году отец Иона получил с родины письмо, в котором его знакомые сообщали, что у них в селе Алпатьево, находящемся в нескольких километрах от села Солчино, скончался священник и они приглашают его служить в этом храме. Отец Иона тут же отправился на родину и был направлен священноначалием в храм села Алпатьево, где и прослужил до своего ареста.
В конце 1937 года в связи с массовыми репрессиями против Русской Православной Церкви сотрудники НКВД допросили председателя сельсовета и председателя колхоза в Алпатьево, а также дежурных свидетелей относительно деятельности отца Ионы. Те показали, что в 1937 году был поставлен вопрос о закрытии храма и передаче здания под школу. По этому поводу было созвано собрание. Узнав об этом, священник сообщил о случившемся верующим. Они тут же пошли на собрание и воспрепятствовали закрытию храма, едва не сорвав и само собрание. Лжесвидетели говорили, что священник ежедневно беседует с женщинами, особенно со вдовами, и те собираются к нему в сторожку при церкви, где он живет. Они также показали, будто священник говорил, что в прошлом году был плохой урожай и это было для колхозников плохо. А в этом году – хороший урожай, и это тоже для колхозников плохо, так как все равно весь урожай съедят мыши и им ничего не останется. Когда отца Иону спросили: почему он ночами сидит впотьмах, не зажигает света? То он ответил, что керосина дают всего одну бутылку на год.
Одна из женщин показала, что хотя она сама разговоров между священником и верующими никаких не слышала, так как при ее приближении верующие тут же прекращают беседу, но благодаря его агитации хозяйка дома, где она снимает комнату, заставляет своих детей молиться Богу.
Другая свидетельница показала, будто однажды священник обратился к прихожанам с проповедью в храме, в которой ругал местные власти, которые намереваются закрыть храм, а также призывал верующих записываться в двадцатку и таким образом отстоять храм и воспрепятствовать его закрытию. Также он пришел к ней домой и пытался уговорить ее мужа вступить в члены церковного совета. В это время он ругал советскую власть, говоря, что надо платить тысячу рублей налога, а народ в церковь не ходит. И скоро ее, наверное, закроют. Вот тогда народ затужит, но только советская власть храма уже не откроет. Свидетельница также показала, что хотя отец Иона и занес ее в члены двадцатки, но она в ней не состоит и своей подписи не ставила. А делает все это священник против власти, чтобы не закрыли церковь.
24 февраля 1938 года отец Иона был арестован и заключен в тюрьму в городе Коломна. При аресте священнику было предъявлено постановление на арест и предложено его подписать, но отец Иона подписывать отказался. В тот же день следователь допросил священника. Вот текст допроса:
– Среди ваших бумаг найдена записка следующего содержания: «Говорил о предстоящем пришествии антихриста, сперва коллективного, а затем воплощенного в отдельном лице». Скажите, кто это говорил и как понимать содержание вашей записки? – спросил следователь.
– Эта записка написана мной, выписана из Библии, но что эти слова значат, разъяснить и я не могу. Я сам заинтересовался этими словами и выписал их, – ответил отец Иона.
– Вас обвиняют в контрреволюционной агитации среди населения и распространении контрреволюционной клеветы на руководителей партии и правительства, а также в высказывании недовольства против существующего строя.
– Контрреволюционной агитацией и распространением контрреволюционной клеветы против существующего строя я не занимался и виновным себя в этом не признаю, – ответил священник.
После допросов священника следователь снова допросил свидетелей. Один из них показал, что видел, как священник разговаривал с церковным старостой в присутствии других верующих, фамилий которых он не знает. И староста сказала, что вот скоро выборы и хорошо бы, чтобы от верующих была кандидатура, но отец Иона ее перебил и сказал, что организация наша не зарегистрирована и от нас кандидатуры не примут. На это староста сказала, что если наши люди не будут выбраны, то нашу церковь могут закрыть. Также свидетель показал, что священник будто бы говорил: «Конституция, это только бумага, в ней никакого равенства нет. С кого налог берут тридцать рублей, а со священника две тысячи, а в конституции указано, что все равны. А как понять тогда, кто тут равный. Налог наложили, чтобы закрыть церковь. Это вы должны понимать, а раз это так, то необходимо не допустить закрытия церкви и собрать деньги».
После допросов свидетелей следователь снова приступил к допросу священника, который к этому времени уже третий месяц находился под арестом в тюрьме.