Весь май 1928 года Орджоникидзе плотно работал, принимал участие в работе Политбюро. Среди прочих поручений Политбюро этого периода были дела, связанные с военной промышленностью[557]. Согласно же решению Политбюро от 10 мая Орджоникидзе должен был уйти в отпуск на 2 месяца с 1 июня[558] (отпуск окажется гораздо более продолжительным). Очевидно, что утверждение данного срока отпуска Серго не предусматривало его участия в предстоящем судебном процессе. Поэтому в дальнейшем Орджоникидзе напрямую не участвовал в подготовке «Шахтинского процесса». Позиции Бухарина, сторонника более жестких мер к вредителям в промышленности, были ослаблены. Преувеличивать неприятие данного процесса со стороны Серго также не стоит. Позднее, в связи с «успешным» окончанием дела А. А. Андреев, Г. К. Орджоникидзе и А. И. Микоян ходатайствовали перед Политбюро о награждении полномочного представителя ОГПУ Е. Г. Евдокимова и начальника экономического отдела Северо-Кавказского управления К. И. Зонова (организаторов дела) орденами Красного Знамени. А летом 1930 года на XVI партсъезде председатель ЦКК ВКП(б) Г. К. Орджоникидзе осудил массовое недоверие коммунистов к «Шахтинскому процессу» и другим вредительским уголовным процессам: «Незачем повторять, какую громадную роль сыграло ГПУ в раскрытии вредительства… Но в то время громадное количество наших работников не верило этому, — считали, что ГПУ перебарщивает, и с большим трудом приходилось убеждать, что вредительство налицо»[559]. Очевидна близость позиций Бухарина и Орджоникидзе.
На скамье подсудимых по проходившему в Колонном зале Дома Союзов с 18 мая по 6 июля 1928 года по «Шахтинскому процессу» оказались 53 человека (в том числе и несколько граждан Германии), работавшие на угледобывающих предприятиях. Большинство из них представляли старую техническую интеллигенцию. Инженеров обвиняли в заговоре, инспирированном из-за границы. Государственное обвинение поддерживал Н. В. Крыленко, выделивший «три формы вредительства»: неправильную эксплуатацию шахт, порчу машин и оборудования, неправильный выбор места для новых разработок угля, в результате чего себестоимость угля якобы была высокой, а качество — низким. «Шахтинцам» вменялась в вину не только «вредительская» деятельность, но и создание подпольной организации, поддерживавшей связи с «московскими вредителями» и зарубежными антисоветскими центрами. Подсудимые обвинялись в том, что они должны были нарушать производственный процесс, устраивать взрывы и пожары на фабриках, электростанциях и шахтах, портить системы вентиляции в шахтах, тратить деньги на ненужное оборудование, всячески ухудшать условия жизни рабочих.