Организация и ведение разведки Морским агентурным отделением не отличались от подходов, принятых Агентурным (Сухопутным агентурным) отделом. Так как в распоряжении отделения не имелось «подготовленных агентов-резидентов», то пришлось «ограничиться посылкой агентов-разведчиков». Ввиду того что Республика не имела телеграфной и почтовой связи с пунктами, расположенными за фронтовой линией, «главным средством связи» были признаны «ходоки» (агенты-ходоки). Для ускорения передачи доставленных ходоками сведений. возможно, ближе к фронту были выдвинуты приемные пункты. «Работа Морского отделения. — отмечалось в докладе о деятельности Морского отделения за период с 1 марта по 15 мая 1919 г… - протекала при недостаточно нормальных условиях, так как в силу отрицательного отношения бывших офицеров к подобного рода службе не удалось до сего времени заполнить штаты соответствующими техническими руководителями». До 15 мая 1919 г. было «отправлено в работу 108 человек», причем имелось еще в резерве 30 «неподготовленных агентов». В большинстве случаев это были люди самых разнообразных профессий, чаще всего далекие от морского дела. Лишь немногие из них служили в годы Первой мировой войны на флоте на низовых должностях машинистов, кочегаров, мотористов. Среди агентов-ходоков Морского отделения происходил большой отсев — очень редко кто-нибудь из них отправлялся на второе или третье задание.
Направляемые с разведывательным заданием агенты Морского отделения должны были установить состав, дислокацию морских сил противника, настроение флотских команд. Так как боевые действия в годы Гражданской войны велись в основном на суше, то агенты Морского отделения зачастую выполняли задачи по изучению сухопутных сил противника, политики, проводимой военными властями по отношению к местному населению, настроений жителей на территориях, занятых противником, их отношения к приходу частей Красной Армии. Выполнение подобного рода заданий требовало значительного времени, а с учетом трудности и продолжительности доставки собранных сведений и маневренного характера войны поступавшие разведывательные сведения существенно устаревали и теряли свою актуальность. Так, как отмечает исследователь О.В. Каримов, с 31 июля 1919 г. по 2 февраля 1920 г. находился на задании бывший гимназист — агент Б.И. Павликовский. считавшийся наиболее результативным из числа имевшейся агентуры и выделявшийся на общем фоне уровнем своей образованности. Ему была поставлена задача установить силы белой армии и ее союзников в Крыму и, в частности, в Севастополе. В докладе о проделанной работе он сообщил о том, что в Севастополе базируются 5 крейсеров. 1 дредноут и 5 подводных лодок русского Черноморского флота. Также им было установлено, что к октябрю 1919 г. союзники доставили в Крым для белой армии 20 танков и 10 вагонов снарядов. Большая часть военных грузов переправлялась в Новороссийск. Большое внимание агент уделил изучению отношения местного населения к военным и гражданским властям. Было выявлено начавшееся охлаждение в отношениях белой армии и войск союзников. Зачастую агентуре не удавалось добраться до места назначения. Так. бывший моторист А.И. Холодов, находившийся на задании с сентября 1919 г. по март 1920 г., должен был прибыть в Одессу и выяснить корабельный состав и наличие артиллерии белой армии на северном побережье Черного моря; количество иностранных войск и график военных перевозок с Кавказского побережья. Однако добраться до Одессы Холодов не смог и был вынужден осесть в Севастополе. Доставленные им сведения подтвердили и дополнили донесение Б.И. Павликовского. Стал известен численный состав команд, их настроение, а также было установлено, что 4 из 5 базировавшихся в Севастополе подводных лодок были неисправны. Были получены сведения о количестве вооруженных формирований Махно и о его намерениях действовать против войск Деникина.
С апреля по июнь 1919 г. в Константинополь был направлен З.Г. Ибрагимов (в Первую мировую войну служил переводчиком на Кавказском фронте). Ему была поставлена задача выяснить, какие войска находились в Константинополе; определить их командный состав; уточнить, присутствуют ли иностранные войска в Турции; получить информацию о режиме проливов, а также выяснить общее состояние турецкой армии. Согласно доставленной Ибрагимовым информации, в связи с происшедшей в Турции революцией корабли Антанты не выпускались из Черного моря; турки требовали, чтобы команды оставили корабли и добирались до своих стран пешком. Была получена информация о состоянии турецкой армии, константинопольском гарнизоне и находившихся там 7 тысячах русских военнопленных, доставленных из Франции для последующей отправки в армию Деникина.