Связь между Разведупром и штабом флота осуществлял помощник начальника РУ Штаба РККА. В круг его обязанностей входило принимать заявки на организацию разведки в интересах флота и передавать полученную информацию по иностранным флотам. Тем не менее флоты в эти годы практически не получали разведывательной информации об иностранных военно-морских силах. В отличие от Балтийского флота, где имелся разведотдел, а также кронштадтский разведывательный пункт, на Черноморском флоте вообще не было агентурного органа. Обеспечение разведывательными сведениями в интересах Черноморского флота возлагалось на штаб Харьковского военного округа. Для связи с разведотделом округа в Севастополе находился уполномоченный Разведуправления штаба командующего войсками Украины и Крыма. В июле 1921 г. Реввоенсовет Черноморского флота вынужден был констатировать. что командование флота «до сего времени вовсе лишено самых элементарных сведений о состоянии и дислокации флотов и военно-морских намерениях южноморских государств». Подчеркивалось, что необходимо поставить морское отделение разведотдела штаба Харьковского военного округа в такие условия, чтобы оно выполняло задания Реввоенсовета. В ноябре
1921 г. это морское отделение передается Разведуправлению штаба командующего войсками Украины и Крыма и переводится в Севастополь с оперативным подчинением Реввоенсовету Черноморского флота.
В Разведывательном управлении остро ощущалась нехватка денежных средств на ведение разведывательной деятельности. Смета агентурного отдела Разведывательного управления Штаба РККА постатейно рассматривалась и утверждалась на заседаниях валютной комиссии Политбюро ЦК РКП(б). На первое полугодие 1921 г. для организации морской разведки было запрошено 45 тыс. фунтов стерлингов, однако эта сумма была вычеркнута из сметы. На второе полугодие удалось провести через Политбюро ЦК смету в 21 тыс. фунтов стерлингов, но реализовать это решение не удалось, так как в ноябре 1921 г. смета всего Разведупра была урезана на 10 тыс. фунтов стерлингов. Финансирование на 1922 г. отдельно для морской разведки валютной комиссии Политбюро ЦК не предусматривалось. Начальник Разведывательного управления А.Я. Зейбот категорически отказывался выделять средства на ведение морской разведки, мотивируя такой подход ограниченностью средств в целом и невозможностью иметь параллельный аппарат морской разведки. Он предлагал объединить весь разведывательный аппарат, т. е. сократить морские отделения. Такие предложения вызывали противодействие со стороны помощника начальника Разведывательного управления Ж. А. Патера. Он пытался апеллировать к руководству Штаморси, указывая на негативные последствия таких мероприятий, так как, во-первых, сотрудники морских отделений будут вынуждены покинуть Разведупр (в случае же необходимости вновь создать морскую разведку собрать их снова будет нелегко, а назначение новых людей пользы не принесет ввиду специфики работы); во-вторых, опыт Первой мировой войны показал, что организация агентуры должна проводиться в мирной обстановке. Обстановка, сложившаяся в Разведывательном управлении, привела к тому, что работники морских отделений перестали ощущать свою востребованность. Агентурная работа практически прекратилась. Началась чехарда с назначением начальников морских отделений. В сентябре 1921 г. начальником морского агентурного отделения был Д.Л. Блинов, затем Д.С. Любомирский, а уже 28 декабря отделение возглавил А.Н. Иванов (в 1918 г. окончил 2 курса Морского инженерного училища (военное кораблестроение): с декабря 1918 г. добровольно в РККФ; в 1920–1921 гг. учился в Соединенных классах для подготовки специального комсостава РККФ). Через десять дней после вступления в должность он подал рапорт с просьбой направить его на обучение в Морскую академию. Назначенный вместо Иванова 9 января
1922 г. А.А. Обухов (на флоте с 1916 г.; окончил машинную школу; участник Гражданской войны; с 1918–1920 гг. — на учебе в Соединенных классах для подготовки специального комсостава РККФ) в должности пробыл всего две недели. В феврале 1922 г. руководство Разведывательного управления в докладе на имя военного комиссара и члена Реввоенсовета Республики С.С. Данилова сообщало, что к настоящему моменту оно не располагает морской агентурой, создание которой тормозится отсутствием денежных средств и подходящих для работы людей. Попытки улучшить состав отделений в структуре Разведупра не имели успеха, так как Штаб морских сил направлял на службу в морское агентурное отделение людей, слабо разбиравшихся в военно-морском деле и разведке. Не лучше обстояли дела в морском отделении Информационно-статистического отдела. В течение 1921 г. Штаморси не смог выделить ни одного специалиста-моряка для обработки поступавшей информации. Отсутствовали также специалисты-моряки, владевшие иностранными языками.