Слабая подготовка агентуры и отсутствие предварительной проработки приемов и способов выполнения поставленных заданий могли привести и нередко приводили к провалам агентуры. Так, бывший кочегар П.П. Калнин в июле 1919 г. был направлен в г. Гурьев для сбора сведений о Семиреченском казачьем войске. Однако перед переходом линии фронта «неожиданно» вскрылось, что бывший кочегар не может выполнить задание по следующим причинам: во-первых, по легенде. Калнин должен был выдавать себя за англичанина, однако не владел ни одним иностранным языком; во-вторых, он был латышом и слабо знал русский язык; в-третьих, на руках у него были татуировки, выдававшие его как моряка Балтийского флота, казаки же отрицательно относились к матросам, считая их основной опорой большевиков.
К октябрю 1919 г. в Регистрационном управлении завершился переход к формированию руководящих кадров разведки, в том числе и морской на партийной основе. С 15 сентября Институт консул ьтантства при Регистрационном Управлении Революционного Военного Совета Республики упразднялся. В течение июня — сентября многие бывшие офицеры — сотрудники Регистрационного управления были арестованы (в том числе сотрудник Морского агентурного отдела, бывший лейтенант флота Д.Н. Дандрэ) или были направлены в действующую армию.
В январе 1920 г. произошли изменения в организационно-штатной структуре Регистрационного управления Полевого штаба РВСР, далеко не все из которых были оправданны. Как самостоятельное подразделение Морской агентурный отдел перестал существовать. Его функции были переданы Оперативному (агентурному) отделу Регистрационного управления. Для организации морской агентурной разведки предполагалось оставить только одну должность — помощника начальника Оперативного отдела по морским делам. Начальником отдела к этому времени был Н. Пожаров, его помощником — только что окончивший курсы разведки В.А. Иок (в 1913 г. окончил школу юнг; во время Первой мировой войны служил на артиллерийских батареях Кронштадта и Двинска. 22 января Пожаров был отчислен из Регистрационного управления и сдал должность своему помощнику. В связи с организационно-штатными мероприятиями бывшие сотрудники морского агентурного отдела получали новые назначения в составе Регистрационного управления или направлялись в распоряжение командующего морскими силами (коморси). Вся имевшаяся в распоряжении Морского отдела агентура была расформирована. Агенты направлялись в распоряжение Управления по личному составу флота, многих увольняли в связи с невозможностью их использования по профессиональной непригодности, третьи — переходили в подчинение отдела, организующего и ведущего сухопутную агентурную разведку. Однако морские разведывательные пункты и морские разведывательные отделения разведорганов Харьковского и Петроградского военных округов продолжали функционировать. Руководство их работой было возложено на Оперативный отдел Региструпра.
В докладе о работе Регистрационного управления по состоянию на 5 июля было отмечено, что «морская часть Оперативного отдела совершенно атрофировалась», что в управлении нет даже лица, сколько-нибудь знакомого с морским делом, не говоря о специалисте морской агентурной разведки.
В сентябре 1920 г. штаты Региструпра вновь подверглись очередным изменениям. В Оперативном отделении Оперативного отдела появился морской сектор в составе 4 человек.
31 января 1921 г. начальником морского сектора Оперативного отделения Оперативного отдела был назначен В.Р. Звирбуль (с 1913 г. служил на флоте в г. Либава; окончил училище командного состава флота).
При реорганизации в апреле 1921 г. Региструпра Полевого штаба РВСР в Разведывательное управление Штаба РККА морская разведка была представлена уже тремя отделениями в составе Отдела агентурной разведки (8 человек), Информационно-статистического (4 человека) и Радиоинформационного (3 человека) отделов. Начальником морского отделения Отдела агентурной разведки был назначен Звирбуль. В сентябре 1921 г. в штат Разведупра вводится должность помощника начальника управления по морским делам. Тогда же было утверждено «Положение о морской разведке Штаба РККА», в котором определялись задачи вышеупомянутых морских отделений. На отделение в составе Отдела агентурной разведки возлагались задачи организации морской агентурной разведки и руководство деятельностью морских разведывательных отделений при разведывательных органах военных округов. На отделение Информационно-статистического отдела — обработка и систематизация добываемых материалов. Помощником начальника Разведывательного управления Штаба РККА по морским делам был назначен Ж.А. Патер. Начальником 5-го (морского отделения) Отдела агентурной разведки стал Д.Л. Блинов (бывший мичман, в 1917 г. окончил морское училище по специальности «штурман»).