Заключение перемирия, которое продлилось два года, начиная с 3 декабря 1698 года, позволило испытать новый русский флот в море. Имея это в виду, царь в конце марта 1690 года прибыл в Воронеж, чтобы лично наблюдать за оснащением эскадры и ее отправкой в Азов. Несмотря на нехватку людей, удалось подготовить довольно много кораблей. Покинув Воронеж 10 мая с 4 кораблями, 4 галерами и бомбардирским кораблем, царь прибыл в Азов 3 июня и там обнаружил 7 кораблей с Хоперской и Паншинской верфей, которые расположены ближе к устью Дона, чем Воронеж. Таким образом, эскадра состояла из следующих кораблей: «Скорпион» 52, «Крепость» 52, «Звезда» 52, «Флаг» 52 – с Паншинской верфи; «Безбоязнь» 36, «Благое начало» 36, «Соединение» (или «Уния») 30 – с Хоперской верфи; «Цвет войны» 36, «Отворенные врата» 36, «Сила» 36 и «Меркурий» 28 – из Воронежа. Бомбардир – «Миротворец». Галеры: «Периная тягота», «Заячий бег», «Золотой орел», «Ветер».
«Звезда» и «Флаг» еще не были готовы к выходу в море, и, соответственно, в эксплуатацию был введен «Апостол Петр» 36. «Миротворец», «Золотой орел» и «Ветер» тоже остались в Азове, так что флот, когда он вышел 3 июля в море и взял курс на Таганрог, состоял из 10 кораблей и 2 галер. Им командовал адмирал Головин на «Скорпионе». Другими флаг-офицерами были вице-адмирал Крюйс, русский адмирал норвежского происхождения, ранее служивший в Голландии, на корабле «Благое начало», и контр-адмирал Рез на корабле «Цвет войны». Царь под именем Петра Михайлова был капитаном корабля «Отворенные врата».
Проведя больше месяца в Таганроге, флот 15 августа вышел в море для проведения испытаний, продолжавшихся два дня. 24-го он взял курс на Керчь, турецкую крепость у входа в Азовское море. Прибыв туда 28-го, русские обнаружили 4 турецких корабля и 9 галер. «Крепость» 52 – корабль, который должен был отвезти посла в Константинополь, присоединился к турецкой эскадре 30-го. Он вышел в море вместе с 4 турецкими кораблями 7 сентября и 17-го прибыл в Константинополь. В июне следующего года он вернулся в Азов. Остальной русский флот ушел из Керчи 4 сентября после взаимного обмена любезностями и 10-го вернулся в Таганрог. Почти все корабли остались в Азове на зиму, но три из них – «Скорпион», «Сила» и «Безбоязнь» – перезимовали в Таганроге, а весной вернулись в Азов.
В июле 1700 года между Россией и Турцией было заключено перемирие на тридцать лет, и почти сразу царь начал враждебные действия против Швеции с целью проложить себе путь к Балтийскому морю, так же как раньше он это сделал по отношению к Черному. Несмотря на изменившиеся обстоятельства, строительство кораблей шло быстро. В 1702 году не менее 15 линкоров были доставлены на Дон из Воронежа. Их названия: «Колокол» 46, «Лилия» 36, «Барабан» 36, «Три рюмки» 36, «Стул» 36, «Лев» 44, «Единорог» 44, «Виноградная ветвь» 58, «Мяч» 54, «Геркулес» 52, «Разжённое железо» 36, «Святой Георгий» 66, «Божье Предвидение» 58, «Черепаха» 58, «Весы» 6 (оборудованный, как провиантский корабль).
«Святой Георгий» и «Разжённое железо» были отправлены в эскорт Апраксина, главы адмиралтейства, который следовал в Азов на своей яхте «Святая Наталья». Он прибыл туда 27 июня, и тогда оба корабля были направлены в море вместе с еще одним кораблем «Благое начало» и галерой. «Благое начало» дошел до Керчи. В феврале 1703 года царь посетил Воронеж и приказал строить еще больше кораблей. Двумя годами позже недалеко от Воронежа, в Таврове, была открыта новая верфь. Между тем шведский флот занимал все время царя Петра, и он смог вернуться в этот регион только в 1709 году. К тому времени многие старые суда уже стали непригодными к эксплуатации, поэтому он приказал их разобрать.
В ноябре 1710 года Турция снова объявила войну России. К этому времени новый русский флот был в далеко не лучшем состоянии, и в Воронеже нашлось только три корабля, которые можно было оснастить и весной направить вниз по реке, – «Божье Предвидение» 58, «Геркулес» 52 и «Слон» 44. Но даже при таких условиях последние два корабля были повреждены по пути. В Азове и Таганроге было 19 «линкоров», но только четыре оказались пригодными для выхода в море. Те корабли, которые еще можно было использовать, были собраны в Таганроге под командованием адмирала Крюйса, в распоряжении которого оказался следующий флот: корабли – «Меркурий» 28 (флагман), «Ластка» 50, «Соединение» (или «Уния») 30, «Божье Предвидение» 58; галеры – «Золотой орел», «Ветер»; шнявы – «Дегас» 14, «Фальк» 14, «Таймалар» 14; бригантины – «Лебедь», «Гусь».
12 июля турецкий флот из 18 кораблей, 14 галер и разных небольших судов подошел очень близко, но почти сразу опять отошел. 27-го приблизились семь галер, но, как только «Соединение» и три шнявы пришли в движение, они сразу ушли. Наконец 1 августа появился весь флот в полном составе и попытался произвести высадку. Попытка была с легкостью отбита. Двумя днями позже турки ушли.