Каждая из этих групп вскоре была блокирована. У входа в Александрию Нельсон оставил капитана Худа на линкоре «Зилоус» и еще два 74-пушечника – «Свифтшур» и «Голиаф». 14 августа он послал Сумареса с кораблями «Орион», «Маджестик», «Беллерофон», «Дефенс», «Минотавр», «Одешиус» и «Тесей», чтобы эскортировать в Гибралтар призы – «Тоннант», «Спартиат», «Пёпл-Суверен», «Франклин», «Аквилон», «Конкеран». После сожжения «Эрё», «Меркурия», «Герриера» и остатков 36-пушечника «Серьез» 19-го он отплыл в Неаполь. В составе его флота были «Вангард», «Александр», «Каллоден». Наконец, к нему присоединилось несколько фрегатов: «Эмеральд», «Алкмена», «Бон Ситойен» – 12 августа, «Сихорс» 17-го10. Нельсон взял с собой «Бон Ситойен», а остальные фрегаты оставил Худу. Французы в Александрии ожидали нападения, но Худ ничего не мог предпринять, не имея бомбардирских кораблей. Тем не менее блокада, очевидно, была эффективной, поскольку англичане захватили 11 августа «Фортунанус» 16, а 23-го – канонерку «Лежер».
Теперь на театре военных действий появилась еще одна сила – португальская эскадра под командованием контр-адмирала маркиза де Низа, состоящая из четырех 74-пушечников – «Принцип Реал», «Райна де Португал», «Сао Себастио», «Афонсу де Альбукерке», брига «Фалькао» и британского брандера «Инсендиари». Эти корабли вместе с британским линкором «Лайон» 64 подошли к Александрии 26 августа. Нельсон надеялся, что они возьмут на себя блокаду египетского побережья и тем самым дадут Худу шанс произвести ремонт, однако де Низа не пожелал заниматься этим и на следующий день ушел, оставив «Льва», но в сопровождении британского фрегата «Талия», который прибыл 26-го. Сумарес и Нельсон тем временем не вели активных действий. С 24 августа до 1 сентября они поддерживали контакт друг с другом в водах, расположенных к востоку от Крита. 16 сентября Сумарес зашел в Порто-Аугуста на Сицилии, чтобы принять воду, и в тот же день «Каллоден» и «Александр» зашли в Неаполь. Корабль Нельсона «Вангард» днем раньше потерял временную мачту и неделю провел на буксире у Талии, после чего 22 сентября прибыл в Неаполь. В сицилийских водах обе британских дивизии поддерживали контакт с португальцами, и последние по просьбе Нельсона приступили к блокаде Мальты, где Сумарес встретился с ними 24 сентября. На следующий день, обнаружив, что жители острова восстали против французов, он направил французскому гарнизону требование сдаться. Оно было отвергнуто, но Сумарес ничего не мог сделать – только выгрузить 1200 мушкетов и боеприпасов для использования повстанцами. 18 октября он добрался до Гибралтара, тремя неделями раньше отправив «Минотавр» и «Одешиус» в Неаполь к Нельсону.
Уничтожение французского флота в Абукирском заливе вскоре привело к появлению на Средиземноморье военных кораблей России и Турции. Высадка французов в Египте стала casus belli[22] для турок. Русские суда, как и прежде, вышли из Кронштадта в начале июня для взаимодействия с британцами в Северном море, но только 24 августа, в результате нового развития событий, русский флот ушел из Севастополя, чтобы присоединиться к туркам для ведения операций за пределами Дарданелл.
Этот флот под командованием вице-адмирала Ушакова состоял из следующих кораблей: «Св. Павел» 84, «Богоявление Господне» 72, «Св. Троица» 72, «Мария Магдалина» 68, «Захарий» и «Елизавета» 74, «Св. Петр» 74, «Григорий Великия Армении» 50, «Св. Михаил» 48, «Навархия Вознесение Господне» 40, «Счастливый» 32, три небольших судна.
Ушаков вошел в Босфор 4 сентября и присоединился к турецкому флоту в Дарданеллах 20-го. Турецкий адмирал Кадир-бей имел в своем распоряжении 6 линкоров, 8 фрегатов, 8 корветов или шлюпов и 14 канонерок, но нехватка людей вынудила его оставить в бездействии 2 линкора, 2 фрегата и 4 корвета. В качестве первого шага два русских фрегата, «Св. Михаил» и «Богородица Казанская», были посланы 25 сентября вместе с двумя турецкими фрегатами и 10 канонерками на соединение с британскими силами в районе Александрии. Остальной сборный флот вышел в море 1 октября.
Группа, идущая в Александрию, сначала зашла на Родос и прибыла к месту назначения только 21 октября. С 21 по 29 октября канонерки с небольшими перерывами обстреливали французский лагерь, но не добились видимого результата. 4 декабря русские и турки ушли к Родосу, а оттуда 2 русских фрегата направились на Корфу, где 20 декабря соединились с флотом Ушакова.