18 марта к берегу подошла группа из 10 французских кораблей, корвета и 9 канонерок. «Тесей» был отправлен в Яффу и вернулся только 20-го, но «Тигр» в одиночку сумел захватить все корабли, за исключением корвета и двух канонерок. Таким образом, он захватил или перехватил всю французскую осадную артиллерию. Спустя три дня лодки с двух французских линкоров попытались, но безуспешно, отсечь четыре транспорта, которые прибыли в Хайфу с запасами для французской армии. После этого британские корабли отнесло непогодой, и они сумели вернуться только 4 апреля. Будучи в море, Смит встретил «Альянс» 20 на пути в Акру и захватил французский транспорт с запасами, который уже и так потерпел крушение.
Та же самая непогода, вероятно, была ответственна за снос «Льва» со своей позиции в Александрии. В любом случае французская эскадра из трех фрегатов и двух бригов, «Юнона» 42, «Кореджёс» 40, «Алцест» 38, «Саламин» 18 и «Алерт» 18, под командованием контр-адмирала Перре, вышла из порта, не встретив сопротивления. Обнаружив, что враг ушел, Диксон, капитан линкора «Лев», оставил блокаду и отправился в Палермо, где присоединился к Нельсону 8 мая. Французы направились в Яффу и выгрузили на берег шесть тяжелых орудий, которые были доставлены армии по суше 27 апреля. 8 мая «Саламин» захватил недалеко от Яффы полякру «Фортун», которая была послана Смитом, чтобы крейсировать вдоль побережья. «Дам де Грас», бывшая вместе с ней, была отвоевана французами и потоплена. Спустя несколько дней, 14 мая, французские фрегаты встретили корабль «Тесей» у Кесарии, на полпути между Яффой и Акрой. Они сразу ушли, и «Тесей» не смог его преследовать из-за взрыва нескольких французских снарядов, которые были подобраны невзорвавшимися для повторного использования. Капитан Миллер и еще 39 членов команды были убиты, 47 человек получили ранения. После этого Перре направился в Тулон, но не попал туда, потому что 19 июля, находясь в 60 милях от цели, он встретил группу английских кораблей из четырех 74-пушечных линкоров и двух фрегатов, и вся его эскадра была захвачена.
Тем временем наступление на Акру провалилось. Несмотря на огонь британских линкоров, захваченных у них самих канонерок и турецкого фрегата, французы сумели пробить слабые стены города. Но все их попытки штурма были отбиты. 7 мая с Родоса прибыл с подкреплениями для осажденных флот из транспортов и нескольких турецких кораблей. До того как все это было выгружено и высажено на берег, Бонапарт приказал начать финальный общий штурм, но благодаря совместным усилиям турецкого гарнизона и британских высадочных групп враг был отброшен. Новые атаки 8-го были не более успешными. 19-го имело место продолжительное сражение, когда вылазка турок была отбита. На следующий день Бонапарт снял блокаду и начал отступление в направлении Египта.
После захвата Корфу русский флот в Адриатическом море начал операции против французов на юге Италии, чтобы поддержать операции армии Суворова на севере. 26 апреля группа из трех больших фрегатов, «Григорий Великия Армении» 50, «Св. Михаил» 48 и «Св. Николай» 46, ушла с Корфу в Бриндизи. Непогода отнесла их в Валону (Авлону) и задержала там до 2 мая. После этого командир подразделения по фамилии Сорокин смог 4 мая восстановить неаполитанскую власть в Бриндизи, 12-го – в Моле и 13-го – в Бари12.
Другая группа кораблей под командованием контр-адмирала Пустошкина покинула Корфу 12 мая. В нее входили «Св. Михаил» 74, «Симеон и Анна» 74, «Богородица Казанская» 46 и «Навархия» 40, а также турецкий линкор, фрегат, корвет и два или три небольших судна13. Два русских фрегата были отправлены в Триест в качестве эскорта для португальского линкора «Райна де Португал» 74, который немного раньше привез беженцев из Бриндизи. Эти фрегаты вернулись только 23 июля. Пустошкин с остальными кораблями подошел к Анконе 17 мая и на следующий день, после отвергнутого требования капитуляции города, в течение нескольких часов вел перестрелку с береговыми батареями и лишенными такелажа бывшими венецианскими кораблями «Лахарп», «Стенгель» и «Бейран», без особого ущерба для обеих сторон. Говорят, что русские потеряли больше от огня своих турецких союзников, чем противника.