Главные силы русско-турецкого флота подошли к Цериго 9 октября. Два русских фрегата, «Григорий Великия Армении» и «Счастливый», в тот день захватили небольшую крепость Сан-Николо, расположенную на восточном побережье, а тремя днями позже крепость Капсали, что на южном побережье, капитулировала после обстрела этими же двумя фрегатами и кораблем «Панагия Апотуменгана» 14-го. После этого 24 октября эти фрегаты захватили остров Занте, и там Ушаков на некоторое время задержался, отослав три группы кораблей по разным направлениям. Первая группа, которой командовал капитан Пустошкин, состояла из кораблей «Св. Троица» 72, «Сошествие Св. Духа» 44, «Счастливый» 32, «Красноселье» 14 и турецкого фрегата. Она вышла в море 25-го и направилась к Кефалонии, которая сдалась 28-го. Вторая группа под командованием капитана Сенявина имела в своем составе «Св. Петр» 74, «Навархия» 40, турецкий линкор и фрегат. Она вышла в море 29-го и взяла курс на остров Святой Мавры (Лефкада), но там французский гарнизон оказался сильнее и потребовалась осада. Третья группа под командованием капитана Селивачева состояла из кораблей «Захарий» и «Елизавета» 74, «Богоявление Господне» 72 и «Григорий» 50, турецкого линкора и двух фрегатов. Она вышла в море 31 октября и 4 ноября установила блокаду Корфу.
Ушаков и Кадир-бей 3 ноября перебрались на Кефалонию. 8-го «Св. Троица» была послана с двумя турецкими фрегатами и корветом на усиление группы, блокировавшей Корфу. На следующий день остальной флот ушел к Святой Мавре; он бросил там якорь 11-го, и его прибытие привело к капитуляции французского гарнизона, которая имела место 13-го. В итоге только Корфу оставался в руках французов. Туда Ушаков и Кадир-бей прибыли 20 ноября.
Тем временем Нельсон установил строгую блокаду французских сил на Мальте. Болл на «Александре» 74, с кораблями «Терпсихора» 32 и «Бон Ситойен» 18, вышел в море из Неаполя 6 октября и присоединился к португальцам у Мальты 12-го.
Нельсон прибыл 24 октября, покинув Неаполь 15-го. Он привел «Вангард», «Минотавр», «Одешиус», «Голиаф» и «Мутин» 16-го. По пути флот совершил заход в Марсалу. На следующий день португальская эскадра ушла в Неаполь на ремонт.
К большому недовольству Нельсона, он обнаружил, что, несмотря на неоднократные обещания, никаких запасов не было направлено островитянам из Неаполя или Сицилии, а подавление Валетты, скорее всего, займет много времени, хотя остров Гоцо был взят «Александром» 28 октября. Соответственно, 30 октября Нельсон снова отправился в Неаполь – на «Вангарде» в сопровождении «Минотавра», оставив Болла продолжать блокаду. В его распоряжении были «Александр», «Голиаф», «Одешиус», «Терпсихора» и брандер «Инсендиари». Он предполагал послать Трубриджа с несколькими кораблями к Ионическим островам, возможно, в надежде опередить русских. Приказы на этот счет были составлены, но они так и не были претворены в жизнь, и весь британский флот в Неаполе вместо этого перевозил неаполитанскую армию в Ливорно, а этот город был использован в качестве базы для глупой неаполитанской попытки атаковать французов 23 ноября. Сначала все шло нормально и неаполитанцы 29 ноября действительно вошли в Рим, но их пребывание там оказалось очень коротким. Уже 9 декабря французы вернулись в Рим, и к 23-му, то есть ровно через месяц после начала враждебных действий, неаполитанский двор отбыл на «Вангарде» в Палермо.
Фактическая оккупация Неаполя французами была отложена еще на месяц, но к 23 января 1799 года сопротивление было сломлено, и Неаполитанское королевство, точнее, его материковая часть стала Партенопейской республикой. Из неаполитанского флота три линкора были 8 января сожжены португальцем Кэмпбеллом – к большому раздражению Нельсона, хотя представляется очевидным, что условия в Неаполе к тому времени были достаточно плохими и оправдывали это действо. Другой линкор сопровождал королевскую семью на Сицилию, и три корабля принимали участие в блокаде Мальты.
На Корфу русские и турки поддерживали не слишком строгую блокаду, хотя 8 линкоров, столько же фрегатов и батарея на острове Лазаретто, что в двух милях от города, могли бы полностью контролировать перемещение французов. 23 ноября, через три дня после прибытия Ушакова, «Женерё» атаковал «Св. Троицу», самый восточный корабль из блокирующего флота. Заметив приближение «Захария и Елизаветы», французы ушли, покинули бухту через западный вход и атаковали корабль Ушакова «Св. Павел». Довольно быстро они поняли, что сопротивление слишком сильное, и ушли.