Разные враги Франции были единодушны в желании изгнать французов с Мальты, но в вопросе будущего владения островом единодушия было намного меньше. Законным претендентом мог считаться орден Святого Иоанна, который находился здесь уже более 250 лет. Однако мальтийцы не слишком радовались его возвращению и предпочитали считать короля Неаполя полноправным сувереном территории, некогда части испанских владений, из которых было образовано его королевство. Претензии рыцарей усложнялись тем, что русский царь Павел, считавшийся с 1797 года покровителем Мальтийского ордена, в ноябре 1798 года был избран великим магистром, так что возвращение ордена на остров, по сути, означало установление на Мальте власти русских.
Понятно, что британские командиры на Средиземном море стремились всячески избегать подобного результата. Один только Нельсон считал, что Мальта не имеет большого значения. Его правительство рассматривало Мальту как разумную плату за союзнические действия русских. Даже когда мальтийцы, раздосадованные очевидным бездействием неаполитанского правительства, обратились к Британии, как к более надежному покровителю, немедленной реакции не последовало. Только когда Россия по другим причинам вышла из состава коалиции, стала вероятной постоянная оккупация Мальты британцами. В любом случае Россия не сделала абсолютно ничего для захвата острова. Ее флот дошел до Мессины, а войска – до Неаполя, но ни армия, ни флот не принимали участия в операциях против французов на Мальте. На море эти операции вели британцы и португальцы, а на суше – британцы, мальтийцы и неаполитанцы.
Уже говорилось об участии Португалии в начале блокады. Действия были возобновлены 1 сентября 1799 года, когда маркиз де Низа прибыл со своей эскадрой и привез приказ Боллу от Нельсона передать ему командование на море и возглавить операции на берегу. Через несколько дней Болл действительно был назначен губернатором острова на неаполитанской службе. Но пока не было никаких войск – ни британских, ни неаполитанских, и местным повстанцам на берегу помогали только высадочные партии с британских и португальских кораблей. Поэтому серьезным ударом стало получение маркизом де Низа приказа вернуться вместе со всем флотом в Лиссабон. Нельсон 26 октября лично взял на себя отмену этого приказа, и Низа согласился – под ответственность британского адмирала – остаться на Средиземноморье еще на некоторое время.
Наконец была изыскана возможность выделить для Мальты войска – 800 человек из британского гарнизона в Мессине. Это было предложено в августе, но только в ноябре полковник Грэм в Мессине получил приказ от своего командира на Минорке о таком перемещении. 25-го Нельсон послал Трубриджа на «Каллодене» 74 с «Нортумберлендом» 74 и своим флагманом «Фудройент» 80 из Палермо в Мессину для погрузки войск. Корабли вышли в море 6 декабря и уже 10-го высадили войска в районе Сент-Полс-Бей (Сан-Пауль-иль-Бахар), на северо-западной оконечности острова. После этого уже не было острой необходимости задерживать португальцев, и 18 декабря Нельсон позволил им отплыть, а Трубридж принял командование блокирующей эскадрой.
Трудно сказать, как сильно русские были заинтересованы в овладении Мальтой, но они практически ничего не сделали, чтобы помочь ее отвоевать. После концентрации своего флота у Корфу в начале июня и отправки эскадры Войновича к Анконе 7 июля Ушаков почти месяц бездействовал. 21 июля с Черного моря прибыли два фрегата с запасами, «Поспешный» 32 и «Николай Беломорский» 20. А 5 августа они отбыли обратно с больными. 5 августа весь флот, включая турецкий, ушел в Мессину. У Корфу остались только «Св. Троица» 72, «Богоявление Господне» 72, захваченный «Леандр» и шебека «Макарий», а также, возможно, один или два турецких корабля.
14 августа флот вошел в Мессину, где обнаружилось четыре неаполитанских корабля – два линкора, фрегат и корвет. После очередного периода бездействия Ушаков разделил свой флот на три части, и все они вышли в море 30-го. Контр-адмирал Пустошкин с кораблями «Св. Михаил» 74, «Симеон и Анна» 74, призом «Экспедицион» и еще одним небольшим судном отправился в Ливорно, а потом в Геную для взаимодействия с австрийской армией на севере Италии. Сорокин на «Св. Михаиле» 48 с кораблями «Григорий Великия Армении» 50, «Св. Николай» 46 и шхуной направился в Неаполь. Сам Ушаков с кораблями «Св. Павел» 84, «Захарий и Елизавета» 74, «Св. Петр» 74, «Мария Магдалина» 68, посыльным судном «Панагия Апотуменгана» и всем турецким флотом ушел в Палермо, куда прибыл 2 сентября.