«Конститьюшн» оставался в Сиракузах почти три месяца, причем часть этого времени было потрачено на ремонт бушприта. «Энтерпрайз» был сочтен непригодным для серьезной работы в зимний период, но, несмотря на это, Пребл отбыл на нем 11 января 1804 года на Мальту. Так получилось, что он почти сразу встретил «Виксен», возвращавшийся из Гибралтара, перешел на него и достиг Мальты 13-го. Там он установил контакт с триполийским агентом и начал переговоры о мире. Он также связался с Бейнбриджем, находившимся в плену в Триполи.
По возвращении в Сиракузы 25 января Пребл начал подготовку к уничтожению «Филадельфии» там, где она находилась. Он не считал возможным вывести корабль из порта, даже если бы его удалось захватить. Попытку предстояло сделать «Интрепиду» (прежнее название – «Мастико») под командованием Декатура с «Энтерпрайза». «Сирена» должна была оказывать поддержку. Идея заключалась в том, что «Интрепид» – местный тип судна – сможет войти в гавань и в нем не опознают противника.
Укомплектованный в основном добровольцами с «Энтерпрайза», пятью мичманами с «Конститьюшн» и сицилийским лоцманом, «Интрепид» с «Сиреной» 3 февраля отправились на задание. Они подошли к Триполи вечером 7-го, но погода оказалась неблагоприятной, и они снова отошли. Порывистый ветер отнес их в восточном направлении, но они вернулись 16-го, и на этот раз условия оказались намного лучше, хотя ветер был настолько слабым, что Декатур ощутил необходимость завести «Интрепид» в гавань сразу, не дожидаясь прибытия шлюпок с «Сирены». Правда, днем раньше он получил некоторое подкрепление – лодку с командой с этого корабля, которая сыграла значительную роль в последовавших событиях.
Когда «Интрепид» приблизился к «Филадельфии» – причем у него на палубе было только несколько человек в мальтийских костюмах, – его окликнули и предложили уйти в сторону. Но лоцман заявил, что на судне потеряны все якоря, и ему разрешили пришвартоваться к более крупной «Филадельфии» на ночь. Перемена ветра остановила «Интрепид» на некотором расстоянии от цели, что могло оказаться роковым, но лодка с «Сирены» приняла конец, а потом и другой с «Филадельфии», и «Интрепид» был подтянут к борту. Сигнал тревоги прозвучал слишком поздно. Абордажная партия почти не встретила сопротивления, поскольку большинство триполийцев или сбежали на лодке, или прыгнули за борт. Воспламеняющиеся вещества были распределены и зажжены, и через двадцать минут «Интрепид» уже шел обратно из гавани, выполнив свою работу. На нем только один человек был легко ранен.
Несмотря на сильный огонь с берега и других триполийских кораблей, он вышел из гавани невредимым, а полыхающая «Филадельфия» сначала медленно дрейфовала к берегу, а потом взорвалась. Лодки с «Сирены» ожидали на входе в гавань, и практически без задержек оба корабля легли на обратный курс в Сиракузы, где их встретили с триумфом 19-го.
Пока они выполняли особое задание, остальные малые суда американской эскадры использовались для менее эффектных мероприятий. «Наутилус» вернулся из Гибралтара 26 января и 4 февраля отплыл в Тунис вместе с «Виксеном». Им пришлось вернуться из-за непогоды, и тогда они получили новые приказы. «Наутилус» уже на следующий день направился к мысу Мисурата (Мисрата), что к востоку от Триполи, а «Виксен» 13-го – на Мальту, чтобы сопроводить очередное снабженческое судно. «Энтерпрайз» 10-го был послан в Мессину, чтобы выяснить возможность приобретения или найма судов, пригодных для использования в роли канонерок. Последние два вернулись 17-го.
Мальтийский бриг «Сантиссимо Крусифиссо» прибыл 21 февраля, перехваченный «Наутилусом» 16-го на пути в Триполи, со смешанным грузом. Он имел пропуск Пребла для перехода в Триполи в балласте и доставки обратно на Мальту рогатого скота. Устно было заявлено, что судно идет в Джербу – в Тунис. Но судовые документы этого не подтверждали, и даже губернатор Мальты признал, что захват правомерен. В конце концов бриг был продан его прежним хозяевам, а груз конфискован.
«Конститьюшн» находился на Мальте с 3-го по 16-е, потом перешел в Сиракузы и 21-го отбыл в Триполи. Тем временем «Виксен» с транспортом «Порт Мэри» 22-го ушел в Гибралтар, «Энтерпрайз» – 23-го – в Тунис, а «Сирена» с транспортом «Уильям и Мэри» – в Сиракузы. Затем «Энтерпрайз» 3 марта пришел в Голетту. Там он обнаружил 12-пушечное триполийское судно, и, поскольку существовала возможность, что тунисские власти могут его задержать при выходе в море, он 6-го перешел к мысу Бон, а по возвращении 13-го нашел триполийское судно разобранным и покинутым. Тогда «Энтерпрайз» направился в Палермо для пополнения запасов воды, оттуда в Тунис и в конце месяца – в Мессину на ремонт.