За прибытием «Наутилуса» последовало изменение в командовании эскадрой, поскольку он привез датированный 21 июня приказ для Морриса сдать командование Роджерсу и вернуться на «Адамсе» в Америку. Роджерс должен был перейти на «Нью-Йорк», а Кэмпбелл с «Адамса» – на «Джона Адамса». Передача власти произошла в Гибралтаре 17 сентября, и Моррис 26-го вышел в море на «Адамсе», но лишь через десять дней Роджерс перебрался на «Нью-Йорк»,
которым пока командовал Кэмпбелл. По прибытии в Америку Моррису было предложено объяснить свои неудачи, и весной следственная комиссия вынесла вердикт: Моррис «достоин порицания за бездействие и медлительность эскадры под его командованием». Вскоре после этого он был уволен со службы.
Когда Моррис и Роджерс прибыли в Гибралтар, уже оформилась новая эскадра под командованием коммодора Эдварда Пребла. Шхуна «Наутилус» 12 прибыла 27 июля, «Филадельфия» 36–24 августа, «Конститьюшн» 44, корабль Пребла, – 13 сентября, а шхуна «Виксен» 12 – 14-го. Шхуна «Энтер-прайз» 12 была переведена в новую эскадру, а два оставшихся корабля, бриги «Сирена» 16 и «Аргус» 18, пришли 1 октября и 1 ноября соответственно.
По прибытии в Гибралтар Бейнбридж с «Филадельфии» получил информацию, что два триполийских корабля находятся у Кабо-де-Гата. Он сразу устремился в этом направлении и вскоре после наступления темноты 26-го заметил два корабля – большой парусник и бриг. Остановив парусник, он выяснил, что это мавританский военный корабль с 22 орудиями, «Мирбоха», а офицер, посланный на борт «Филадельфии» с документами, сообщил, что бриг – это «Селия» из Бостона. Не поверив рассказу о том, что «Селия» была захвачена и освобождена, Бейнбридж настоял на отправке вооруженных людей на «Мирбоху», где и была найдена команда брига. Их взяли в плен 17-го. Бейнбридж больше не колебался и решил завладеть мавританским кораблем и отвести его в Гибралтар. «Селия» исчезла, но была обнаружена и повторно взята следующей ночью.
Прошел слух о том, что другой мавританский корабль был замечен в районе мыса Сен-Винсент. Бейнбридж отправился на поиски, но ничего не обнаружил и 11 сентября вернулся в Гибралтар. Между тем 7 сентября его встретил у южного побережья Португалии Пребл на «Конститьюшн»; после того как американцы поднялись на борт, оказалось, что это «Маймона» с 30 пушками. Она в море уже двадцать три дня и идет в Лиссабон. Корабельные документы, включая гарантию безопасного прохода, выданную американским консулом в Танжере, оказались в порядке, и корабль проследовал к порту назначения, куда прибыл 13-го.
Как уже произошло летом 1802 года, вся сила американской эскадры не могла быть использована против Триполи, пока не удастся преодолеть трудности в отношениях с Марокко. Последнего было легче всего достичь наглядной демонстрацией силы. Тем не менее Пребл отделил «Филадельфию» и «Виксен» для крейсирования вдоль испанского побережья до Аликанте в надежде на призы, а затем им предстояло вернуться в Триполи. Их место заняли «Нью-Йорк» и «Джон Адамс». Хотя Роджерс должен был рассматривать Пребла как свою смену, он, как старший офицер, не позволил Преблу поднять свой брейд-вымпел, пока они вместе, но был готов к сотрудничеству, по крайней мере на короткое время.
Договориться удалось без особого труда. Было объявлено, что и «Мешуда», попытавшись войти в Триполи, и «Мирбоха», захватив «Селию», действовали без санкции императора, хотя командир «Мирбохи» предъявил приказ губернатора Алжира, чего было достаточно, чтобы избавить его от обвинения в пиратстве. Поэтому Пребл и Роджерс отказались от призов, захваченных кораблями их эскадр. Одновременно было освобождено американское судно, задержанное в Могадоре, и 12 октября был восстановлен мир на базе предыдущего договора без дополнительных даров и обещаний. Этот удачный результат, несомненно, объяснялся, по крайней мере частично, тем фактом, что, когда император 6 октября прибыл в Танжер, там находились «Конститьюшн», «Нью-Йорк», «Джон Адамс» и «Наутилус», и все они пребывали в полной боевой готовности. А учитывая достижение договоренности, их орудия использовались только для салюта. «Мирбоха» прибыла в Танжер 10-го и была передана 12-го. «Мешуда» прибыла 19-го. «Нью-Йорк» и «Джон Адамс» были на пути в Америку. Они вернулись в Гибралтар вместе с «Конститьюшн» 16-го.
Бейнбридж на «Филадельфии» прибыл на Мальту 3 октября, а «Виксен», который он отправил с поручением, когда они находились возле Балеарских островов, – на следующий день. Они ушли 5-го и уже 7-го прибыли к Триполи. Офицеры торговых судов, покинувшие порт 19-го, сообщили Бейнбриджу, что в море находятся два пиратских корабля и что они, скорее всего, будут крейсировать в западном направлении. И Бейнбридж на следующий день отправил «Виксен» к мысу Бон в надежде перехватить их по возвращении.