Потери в живой силе у союзников составили 182 человека убитыми и 489 ранеными, соответственно 43 и 144 у французов, 80 и 206 у британцев, 59 и 139 у русских. Самые тяжелые потери понесли три флагмана: на «Азове» они составили 91 человек убитыми и ранеными, на «Азии» – 76, на «Сирене» – 63. Потери турок и египтян точно неизвестны, но, по разным сведениям, они составили от 3 до 4 тысяч человек. Многие важные корабли союзного флота были сильно повреждены – слишком сильно, чтобы их можно было отремонтировать собственными силами. Французы могли послать свои корабли в Тулон, но у русских не было своей базы в пределах досягаемости, и им пришлось идти на ремонт на Мальту. Поврежденный флот Кодрингтона тоже направился туда, но только для принятия временных мер, необходимых для обеспечения их перехода в Англию.
Французский линкор «Прованс», все еще находившийся под временным парусным вооружением, присоединился к своей эскадре в день после окончания сражения, а русский корвет «Гремящий» прибыл 24-го. «Роза» ушла в Смирну 21-го, «Талбот» и «Бриск» – на Мальту 23-го, а «Дартмут» в тот же день отправился в Анкону с депешами Кодрингтона. Остальной флот вышел в море 25-го. Де Риньи с «Тридентом»62
, «Армидом» и «Альционом» в сопровождении британского «Кэмбриана» и русского «Константина» направились в Смирну. «Глазго» ушел к Сире, чтобы следить за деятельностью греческих корсаров. Кодрингтон с остальной эскадрой, а также французские корабли «Бреслау» и «Дафна» прибыли на Мальту 3 ноября. Четыре русских линкора с двумя фрегатами и корветом прибыли туда же 8-го. «Елена» отправилась с депешами в Анкону, но туда не пришла. Непогода заставила ее высадить курьера в Отранто и провести несколько дней на Корфу, прежде чем идти на Мальту, куда она прибыла 1 декабря. «Дартмут» прибыл на Мальту из Анконы 28 ноября. Остальные французские корабли пошли прямо в Тулон.Во время Наваринского сражения Кокрейн находился у Пороса, что на другой стороне Морей, готовясь выйти в море и поддержать экспедицию полковника Фабвьера. Она стартовала 21 октября из Псары, а оттуда отплыла 27-го. Кокрейн на «Хелласе» в компании с «Сувениром» и «Гидрой» (захваченный корвет) ушел с Пороса в тот же день и прибыл на Хиос 30-го. К этому времени греческие войска уже были на берегу два дня. Корабли бросили якоря в некотором удалении от замка. Кокрейн поднял британский, французский, русский и греческий флаги, а также турецкий под русским, дал салют из 21 орудия, но больше не сделал ничего. Капитан французского фрегата «Юнона», уже предупредивший 21-го греческие власти на Сире, что экспедиция на Хиос будет рассматриваться как выходящая за допустимые границы греческих военных операций, 31-го поднялся на борт «Хелласа» и поведал Кокрейну о письме, подписанном тремя адмиралами 24-го. В этом письме они уведомляли, что не допустят «крейсерства и блокады греками за пределами границ от Волоса до Лепанто, включая Саламин, Эгину, Гидру и Специю». На следующий день Гамильтон с «Кэмбриана» показал ему копию письма, и Кокрейн признал необходимость подчиниться. Он увел свои корабли обратно на юг Греции и провел вторую половину ноября, блокируя Корон, Модон и Наварин.
В начале декабря он вернулся на Эгину за инструкциями, ввиду того что в Наварине все еще оставались враждебные силы, превосходящие его собственные. При этом он отказался посылать свои корабли на Хиос и пожаловался, что его лишили доходов, положенных ему для содержания флота. В конце концов он решил вернуться в Англию, рассчитывая найти там средства и подкрепления. Поэтому он передал «Хеллас» Миаулису и в январе 1828 года отбыл на шхуне «Юникорн» в Англию. В сентябре он вернулся в Грецию на новом пароходе «Меркурий», но обнаружил, что его услуги больше никому не нужны. Египетская армия покидала Грецию, а турецкого флота, с которым можно было воевать, не было. И в декабре 1828 года он покинул Грецию, но не на корабле флота, которым еще недавно командовал, а на русском корвете «Гремящий», предоставленном в его распоряжение Гейденом.