На Хиосе греки заняли все, за исключением самой крепости, без особого труда, но с крепостью дело застопорилось. Корабли, оставшиеся там после ухода Кокрейна, пытались, но тщетно, не допустить подвоза снабжения и подкрепления для гарнизона. Брандерная атака, устроенная Канарисом, была успешной и уничтожила несколько судов, но спустя всего неделю к крепости пришли другие, и им никто не смог помешать. Так продолжалось и дальше. Во время первых двух месяцев осады остатки турецкого флота покинули Наварин. Тахир-паша отплыл в Константинополь и увел с собой несколько небольших судов. Остальной флот вышел в море 19 декабря и прибыл в Александрию 27-го в очень плохом состоянии. Тем временем союзники пребывали в относительном бездействии: Кодрингтон и Гейден – на Мальте, де Риньи – в Смирне. Вскоре после прихода на Мальту «Генуя» была послана в Англию, в конце декабря за ней последовали «Азия» и «Альбион». «Уорспайт» 74 присоединился к флоту Кодрингтона из Лиссабона в конце ноября и вскоре был послан на Анкону и на Корфу, чтобы установить связь с Каподистрией, новым главой греческого правительства. Периодически прибывающие фрегаты направлялись в Архипелаг или к египетскому побережью.
Ни одно из трех заинтересованных правительств не было готово к новой ситуации, создавшейся из-за уничтожения турецкого флота. У них не было выработанного политического курса, и потому они не могли дать четких инструкций своим адмиралам. Царь настаивал на том, что отказ турок прислушиваться к требованиям трех держав обусловливает необходимость принятия строгих мер, и требовал, чтобы все три посла были отозваны из Константинополя. Это было сделано в декабре, и ответом султана стало объявление священной войны против неверных и денонсирование Аккерманского договора, которым русские и турки урегулировали свои разногласия годом раньше. После этого царь сообщил союзникам, что намерен весной выступить против европейских владений Турции и сделает это с одобрения союзников или без оного.
До того, как это случилось, окончательно провалилась попытка греков захватить Хиос. Расстояние между турецким гарнизоном и материковым портом Чесма составляло меньше десяти миль, так что туркам надо было обеспечить контроль над проливами на очень короткие интервалы, чтобы позволить высаживать подкрепления на Хиосе. 1 января 1828 года несколько турецких военных кораблей – один фрегат или корвет и 8—10 бригов – вышли из Дарданелл и дошли до Митилены, но месяцем позже вернулись в Дарданеллы, не сделав попытки подойти к Хиосу. Говорили, что их повернул обратно де Риньи, но это представляется крайне сомнительным. Он 19 января писал, что в его инструкциях не сказано ничего о запрете туркам посылать корабли из одного своего порта в другой. Пока турецкие корабли были в Митилене, греческие корабли «Гидра», «Совёр» и три брига прибыли на Хиос. Это было 15 января. «Совёр» был поврежден во время непогоды 19-го, и остальные отошли. «Хеллас», вероятно под командованием Миаулиса, по некоторым источникам, в конце января был у Митилены и определенно 3 февраля вместе с «Гидрой» пришел на Хиос. Но 8-го корабли опять ушли и, очевидно, не возвращались, пока не стало слишком поздно.
4 марта Тахир-паша вышел из Дарданелл с одним тяжелым фрегатом, двумя корветами и бригом. 12-го после захода в Митилену часть этой группы – один фрегат, один корвет и два брига – появилась между Хиосом и материком. Они отогнали мелкие греческие военные корабли, высадили свои войска и подкрепление из Чесмы под прикрытие орудий замка и 14-го, сделав дело, ушли. На следующий день прибыл «Хеллас», и с его поддержкой греки возобновили блокаду. Но к этому времени вред уже был причинен. Фабвьер, армия которого изрядно уменьшилась из-за массового дезертирства, снял блокаду и отступил к южному концу острова. 23-го ему пришлось искать убежище на островке Коккина, откуда его и оставшиеся при нем войска были спасены французским фрегатом «Флер-де-лис», который вместе с фрегатом «Юнона» уже эвакуировал большую часть гражданского населения. Де Риньи на «Триденте» отправился из Смирны к Хиосу, как только услышал о приходе турок, и отвез часть беженцев на Тенос. Во время окончательной эвакуации он находился на Милосе.