Однако они не приняли в расчет египтян. С момента отъезда Ибрагима его отец создал целый флот — примерно сто тридцать пять судов всех размеров, — включавший в себя дополнительные эскадры из Турции, а также из Алжира и Туниса. Ибрагим вернулся, чтобы принять командование, и в первые дни 1826 г. эта новая армада (на борту судов находилось 10 000 бойцов и немало тяжелых орудий) бросила якорь близ Миссолунги. После нескольких недель приготовлений на рассвете 24 февраля артиллерия открыла огонь; согласно подсчетам, она выпустила по городу более 8500 ядер из пушек и снарядов из мортир. Разрушения были ужасающими, но оборонительные сооружения каким-то образом держались.
Ибрагим, принявший верховное командование и не скрывавший презрения к своему товарищу турку, обратил теперь внимание на лагуну. Если бы он взял это мелководье под контроль, то смог бы вызвать голод в городе и принудить жителей Миссолунги сдаться. Решид попытался сделать это год назад, отправив 36 судов с малой осадкой атаковать город с моря, но они вынуждены были повернуть обратно, когда с маленького острова Василиади был открыт сильный огонь. Теперь Ибрагим попытался использовать нечто куда более мощное — флот из 22 судов с еще менее глубокой осадкой, а также пять понтонов с тридцатишестифунтовыми пушками. Артиллеристы на Василиади вновь начали мощный обстрел, но ближе к вечеру их пороховой склад взорвался и они прекратили сопротивление. После этого все острова в лагуне быстро сдались. Наконец в руках греков остался только остров Клисова, расположенный в полумиле от города к юго-востоку. Здесь нападавшим пришлось высадиться в нескольких ярдах от берега и брести по грязи; они представляли собой удобную цель, и защитники острова одержали над ними полную победу. И Решид, и сам Ибрагим получили ранения, и попытка взять остров окончилась неудачей. Но это мало что меняло. Турки взяли лагуну под контроль. Жизненно важная для Миссолунги коммуникация оказалась перерезана. Отныне падение города стало лишь вопросом времени.
Помешать этому могло лишь одно: население должно было покинуть город и попытаться вырваться на свободу, пробившись через равнину к северо-востоку от города. Именно это и решили сделать жители Миссолунги. Население насчитывало около 9000 мужчин, женщин и детей; было условлено, что 22 апреля, когда стемнеет, все крепкие мужчины и подростки полезут через стены, неся маленьких детей, которых напоят опийной настойкой. Они пересекут защитный ров по импровизированным мостам, а затем укроются за внешними укреплениями и станут ждать, пока не услышат стрельбу (ее должен был затеять отряд, возглавляемый одним из командиров, Георгием Карайскакисом; предприняв эту диверсию, он отвлек бы осаждающих). Затем все они двинутся вперед. Те, кто был чересчур стар, болен и слаб и не мог бежать, должны были собраться в нескольких домах по соседству; подле них предстояло оставить заряд, который они должны были взорвать при приближении турок.
То был отчаянный план, и вряд ли следовало ожидать, что его удастся выполнить. Все долго и безуспешно ждали, что отряд Карайскакиса начнет стрельбу; простояв немало времени за Укреплением, беглецы потеряли терпение и вырвались на равнину. Внезапно послышались крики: «Opiso! Opiso!» — «Назад! Назад!» — и все смешалось. Кто-то продолжал двигаться вперед, кто-то отступил. На мосту началась такая давка и толкотня, что многие попадали в ров; с теми, кто вернулся в город, быстро разделались турецкие войска, которые, увидев, что защитники покинули стены, не теряя времени, проложили путь внутрь. Тех, кто продолжал бежать через равнину, вначале атаковала турецкая конница, а затем албанские солдаты; мужчин перебили, женщин и детей взяли в плен. Тем временем позади них Миссолунги превратился в геенну огненную. Доктор Хоув не мог сдержать своих чувств. Он писал 30 апреля: