В целях усиления разведывательной работы аппарат этих органов был значительно обновлен и пополнен офицерами-разведчиками, прошедшими специальную подготовку. Большое внимание стало уделяться подготовке квалифицированной агентуры. Для этой цели были созданы при каждом органе постоянно действующие курсы.
Отмечалась активизация деятельности противника по линии организации пунктов технической разведки для подслушивания телефонных переговоров.
Основное внимание органы японской разведки сосредотачивали на изучении маршрутов и сборе сведений о частях Красной армии, об оборонительных сооружениях и о других военных объектах. Перед агентурой ставилась задача разведки состояния дорог и мостов, идущих от границы в тыловые районы.
Разведка японцами территории СССР проводилась на небольшую глубину, в основном до 20 км в тыл от границы, и только незначительная часть переброшенной агентуры имела задания выйти к линии Дальневосточной железной дороги. Это свидетельствовало о том, что преследовалась задача тщательного изучения объектов и особенно районов укреплений, расположенных непосредственно вблизи границы. Выброской наиболее подготовленной агентуры на линию Дальневосточной железной дороги японская разведка преследовала цель установить переброску частей Красной армии и военных материалов с Дальнего Востока на Запад. После нападения Германии на СССР этому вопросу уделялось большое внимание.
Вербовку агентуры японские разведывательные органы производили в массовом количестве из различных слоев населения, проживающего в приграничных с СССР районах. Однако этот контингент использовался частично, основная масса агентуры продолжала периодически проходить подготовку при разведывательных органах для диверсионно-разведывательной деятельности. Большинство агентуры, переброшенной японцами, составляли китайцы (до 90 %), не проходившие какой-либо подготовки. Квалифицированной агентуры противника (проходившей длительную подготовку) было задержано только 6 чел., по-видимому, ее сохраняли на военный период для диверсионной деятельности в тылу частей Красной армии.
Особое внимание органами японской разведки уделялось вербовке агентуры из числа изменников Родины – бывших военнослужащих Красной армии, бежавших в Маньчжурию в последние годы. Большое количество их после фильтрации и освобождения из-под стражи работало при ЯВМ. Часть из них использовалась на хозяйственных работах при миссиях и находилась под постоянным надзором последних, а некоторые были включены в состав диверсионно-разведывательных групп и проходили соответствующую подготовку для диверсионной деятельности на советской территории в период войны. Японская разведка, считая, что изменники из числа военнослужащих являются наиболее осведомленными и могут дать ценные сведения о частях Красной армии и укрепленных районах ДВК, создала им хорошие бытовые и материальные условия и проводила среди них большую работу. Японцы собирали у них данные о деятельности, состоянии, быте и боевой подготовке частей Красной армии, об укрепленных районах и отдельных огневых точках.
По имевшимся данным, все изменники Родины после фильтрации и разведывательного опроса направлялись на поселение на о. Фын Чуан До, расположенный на р. Ялу провинции Тунхуа. На этом острове они проходили подготовку для проведения диверсионной и разведывательной деятельности. Там же подготавливались группы агентов-связников для осуществления связи с якобы имеющимися в СССР нелегальными заговорщическими организациями.
Вербовке и подготовке агентуры из числа русских белоэмигрантов японцами также уделяется серьезное внимание. Наиболее активно проводили эту работу харбинская, хэйхэская, цзямусинская и муданьцзянская японские военные миссии. В создании диверсионных формирований активно участвовал и Российский фашистский союз.
Вся работа ЯВМ и их отделений в Северной Маньчжурии была построена в соответствии с общими задачами, поставленными перед ними как контрразведывательными органами в стране и разведывательными по сопредельным государствам (в первую очередь по Советскому Союзу и МНР), и включала следующие виды:
1. Оперативный учет, агентурное обслуживание подучетных контингентов (местное население, русская белоэмиграция и иностранцы) и разработка иностранных консульств и представительств.
2. Приобретение и подготовка агентуры для осведомительно-информационной работы и в первую очередь для контрразведывательных и разведывательных целей.
3. Разведывательная работа на советской территории (Дальний Восток).
4. Формирование и подготовка специальных контингентов на случай войны с СССР. Создание белогвардейских военных отрядов, разведывательно-диверсионных, бандитских и террористических групп.
5. Информационно-исследовательская работа. Составление справочников по СССР, обзоров, докладов.
6. Техническая разведка. Разведывательная и контрразведывательная радиослужба.