Постепенно в храмах монастыря стали появляться святыни: в 1996 году – частичка мощей преподобного Нила Столбенского, привезенная из Ниловой пустыни с озера Селигер, в 1997 году – образ святителя Иннокентия с частичкой его мощей, полученные в дар от митрополита Московского.
Когда же на храмах появились купола и кресты, монастырские власти обратились в Патриархию с прошением о том, чтобы мощи новой российской святой матушки Матроны были перевезены на территорию обители.
До того как состоялось обретение честных останков праведницы Матроны, игуменья Феофания вместе с насельницами обители часто отправлялись на Даниловское кладбище, где они посещали могилку святой, служили там панихиды и возносили молитвы.
И каждый раз сестры получали очередное подтверждение того, что матушка с небес слышит их и просит за них перед Всевышним – их просьбы исполнялись, в своих нуждах они получали и помощь и утешение.
Когда 2 мая, в день памяти святой блаженной старицы, архиепископ Истринский Арсений, викарий Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси совершал заупокойное богослужение, в монастыре собралось столько людей, что они не могли поместиться в храме. Многие возносили свои слезные молитвы на улице.
В июле 1998 года в монастырь была привезена еще одна святыня – чудесный образ Пресвятой Богородицы «Взыскание погибших». Та самая икона, которая была написана по просьбе и благословению блаженной старицы и при ее жизни считалась ее келейным образом. Когда Покровская обитель была восстановлена, и в ней были помещены мощи подвижницы, ее близкие передали обители икону в дар.