Несомненно, фигура ангела выглядит весьма двусмысленно. Возможно, Леонардо намеренно придал его лицу девичьи черты. Это по-настоящему рискованный андрогинный персонаж. Его присутствие породило ряд подозрений, чего заказчики никак не могли допустить: Креститель ни в коем случае не должен был показаться более значительным, чем Христос или Мадонна, оказавшаяся на втором плане. Святой Иоанн и Иисус были изображены настолько похожими, что с первого взгляда их трудно было различить, и в результате зрители оказывались полностью дезориентированными этим непрерывным вихрем взаимных взглядов и жестов. Находились такие, кто видел в этой сцене прямое согласие Леонардо с теорией блаженного Амедео Мендеса да Сильва, монаха-францисканца, прослывшего еретиком. Ему принадлежат одни из самых коварных теорий, получивших распространение в те годы в Милане: монах утверждал, что Иоанн Креститель находится на одном уровне с Христом, поскольку он является пророком и последним олицетворением религии Ветхого Завета, в то время как Иисус воплощает собой религию Нового Завета. По его мнению, иудаизм и христианство – религии-близнецы, и ни одна из них ни в чем не превосходит другую. Именно поэтому Христос и Иоанн изображены настолько похожими, а Мария стремится приблизить обоих детей. Неудивительно, что братство отнеслось к этой картине с подозрением.