– Подожду и исполню всё по воле твоей, милая, душа моя, – произнёс Расстрига словно сквозь сон, пьянея от её слов и обоняя, словно волк, запах её девичьего естества.
Димитрий не отложил задуманное и уже 23 июня князья Василий, Димитрий и Иван Шуйские были взяты под стражу. Это вызвало сильнейший переполох у боярско-княжеской элиты. Шуйским предъявили обвинение, что они распускают слухи о самозванстве царевича и что готовят заговор против него. Вероятно, у Димитрия были для того основания. Шуйским царевич был нужен только для того, чтобы отстранить Годуновых от власти. Дело было поручено донским казакам во главе с Корелой. На следующий день напуганная Боярская дума приговорила князя Василия к смертной казни, а его братьев к заключению в темницу.
25 июня князь Василий взошёл на плаху, ибо был приговорён к отсечению головы. Широкоплечий и рослый палач разорвал на князе Василии чистую исподнюю рубаху, а тот с трепетом и со слезьми молился Богу и просил у православного люда прощения. Народ, собравшийся вокруг плахи на Болотной площади, где совершалась казнь, уже творил крестное знамение и кланялся Василью, молвя:
– Господь, да простит тя раб Божий!
Старики, покачивая седыми главами, обминая бороды, вспоминали былые казни, совершавшиеся в царствование Иоанна Грозного. Де сынок-то во отца пошёл. И тут прискакал гонец от царевича, который объявил о помиловании всех Шуйских. Василий спустился с «рокового помоста», шатаясь на трясущихся ногах, промокший до портов от смертного пота и рухнул на руки своей родне. Все три брата были сосланы в Галич, а их вотчины отобраны в казну.
Несмотря на круговерть событий, в первые же дни после вступления в Москву Димитрий постарался до конца выяснить, что же случилось с Годуновыми. Ему сообщили о печальном конце царевича Феодора и царицы Марии. Подробности этого преступления вывели Димитрия из себя. Он сорвался и ругал Петра Басманова, допустившего такой просчёт. Тот оправдывался, как мог. Царевич собирался было учинить расправу ещё над Голицыными и Мосальскими. Но совершённого было уже не исправить. И потому архиепископ Арсений и Отрепьев уговорили царевича оставить всё без последствий. Правда, Димитрий настоял на том, чтобы Годуновых похоронили достойно. Однако, прах царя Бориса по настоянию Арсения надо было вынести из Архангельского собора и перезахоронить вне его. Ведь собор с середины XIII века являлся усыпальницей только Московских князей из династии Великого князя Всеволода Юрьевича, прозванного «Большим Гнездом». Епископ заметил также, что князь Василий Мосальский заслуживает снисхождения, ибо пожалел красавицу-царевну Ксению и уберёг её от позора и бесчестия.
Затем Боярской думой было объявлено, что Фёдор и его мать отравились. Однако на их телах, выставленных на всеобщее обозрение, видны были следы борьбы и явной насильственной смерти. Как свидетельствует иноземец Петрей: «Следы от верёвки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей».