В ночь на 17 августа поручение найти лесовоз и освободить экипаж было выполнено военными моряками. Оставалось разобраться с фактами и установить виновных. Согласно международным конвенциям военный корабль имел полное право задержать захваченное пиратами судно и арестовать подозреваемых. Капитан военного корабля имеет на этот случай полномочия органа дознания — проводить предварительные допросы, принимать меры к сохранности и передаче следствию вещественных доказательств. В данном случае — взять под контроль захваченное судно.
Также весьма пригодился буксир, входивший в состав группы кораблей. Лесовоз был лишен возможности самостоятельного плавания — из-за уничтожения бандитами навигационного оборудования и системы автоматической идентификации. Предоставленное само себе судно опять могло пропасть в океане. Кроме того, у военных моряков не было никаких правовых оснований заправлять государственной соляркой частное иностранное судно. Для этого пришлось бы чуть ли не отдельное распоряжение правительства выпускать. Дрейфовать посреди океана тоже было опасно. Единственный выход из ситуации — отбуксировать судно-вещдок к месту, где могут быть проведены следственные действия.
Параллельно с этим срочно решался вопрос с доставкой в Москву восьмерых задержанных подозреваемых и потерпевших из числа членов команды. На борту «Арктик Си» остались лишь четверо из его экипажа, обеспечивающие вспомогательное обслуживание. Остальные вылетели из Кабо-Верде на борту военного транспортного самолета «Ил-76», который доставил из Москвы подразделение морской пехоты ВМФ России и небольшую группу следователей. Морские пехотинцы взяли под охрану буксируемое судно.
Из состава Главного следственного управления СКП в тот день, 17–18 августа, вылетал Андрей Петриков, следователь по особо важным делам. Сразу же началась работа с потерпевшими и подозреваемыми. Для начала нужно было хотя бы понять, кто из них кто. Ведь документы у моряков были изъяты пиратами и выброшены за борт вместе с оружием и другими уликами. Сами же пираты успели согласовать версию, будто они на лодке заблудились в море и 24 июля ночью подплыли к «Арктик Си» за помощью. Якобы капитан взял их на борт, но решил в порты не заходить и следовать прежним курсом. Такие вот мирные почти члены экипажа.
Примерно в то же время, когда сторожевой корабль «Ладный» взял курс в центральную Атлантику на поиски пропавшего судна, пришло сообщение о начале службами Финляндии, Швеции и Мальты совместного международного уголовного расследования по подозрению в захвате «Арктик Си», заложников и вымогательстве. Швеция участвовала как страна, возле побережья которой произошел захват. Позже к этой же международной следственной группе присоединились их коллеги из Эстонии и Латвии, граждане и «неграждане» которых были задержаны как подозреваемые.
При этом морская администрация Мальты сообщила 18 августа, что постоянно имела сведения о движении судна, но воздерживалась от их обнародования. Хотя, как подтвердили все бывшие на борту, после 3 августа аппаратура для такого слежения была намеренно сломана пиратами. Зачем мальтийским властям потребовалось вводить в заблуждение общественность, так и осталось загадкой. Вполне возможно, чтобы дезавуировать право российского военного корабля брать под контроль захваченное пиратами судно. При таком проявленном подходе можно было ожидать, что европейская следственная группа из представителей пяти стран вполне могла принять за чистую моменту версию пиратов, что никакого захвата не было.
Позиция Мальты имела ключевое значение, поскольку «Арктик Си» ходил под мальтийским флагом. Соответственно все судно юридически считалось территорией Мальты. Таким образом, сразу после обнаружения судна и спасения экипажа возникла не менее сложная интрига. Теперь ключевой вопрос звучал так: кто имеет право вести следствие и судить подозреваемых по делу о пиратстве?
Для наших юристов из Следственного комитета это был первый прецедент такого дела. Нужно было доказать на основе международного морского права, что все следственные действия, в том числе на борту «Арктик Си», будут полностью законны. Без согласования со страной приписки судна даже его флаг нельзя трогать руками по морским законам. Но в данном случае это сделали сами пираты, было зафиксировано отсутствие мальтийского флага и маскировка судна под северокорейское. В переговорах международного управления СК с европейцами этот момент стал одним из ключевых для квалификации дела по статье «пиратство». А из факта пиратства следовало уже право капитана военного корабля взять судно под контроль, арестовать подозреваемых и немедленно приступить к расследованию преступления.