Важную роль в налаживании работы железных дорог сыграл политический отдел, созданный при Народном комиссариате путей сообщения в феврале 1919 года. В задачу отдела входили руководство всей партийно-политической работой на транспорте, подготовка политических работников, мобилизация и учет политических работников на железных дорогах. В своей деятельности политический отдел регулярно отчитывался перед ЦК РКП(б), а также перед ВЦИК и Народным комиссариатом путей сообщения.
Серьезное значение для успешной мобилизации железнодорожного транспорта на оборону имела борьба Коммунистической партии с меньшевистско-эсеровским влиянием на отсталую часть железнодорожников, особенно служащих. «Левые» эсеры и меньшевики культивировали среди железнодорожников анархо-синдикалистские настроения и мешали введению на железных дорогах строгой дисциплины и порядка.
В конце 1918 года состоялась Всероссийская конференция коммунистов-железнодорожников. Она высказалась за объединение всех пролетарских элементов на железных дорогах в единый Всероссийский производственный союз железнодорожников, способный положить конец мелкобуржуазным колебаниям среди части железнодорожников — наследию Викжеля.
В результате упорной борьбы такой профсоюз был создан в феврале 1919 года.
Укрепление дисциплины и порядка на транспорте дало свои положительные результаты. Работа транспорта по обеспечению военных и продовольственных перевозок понемногу улучшалась, уменьшался простой вагонов, упорядочивалось дело с ремонтом подвижного состава.
Рабочие-железнодорожники горячо поддерживали все мероприятия партии и правительства на транспорте. Самоотверженно работали в прифронтовых зонах железнодорожные ремонтные отряды, которым часто приходилось восстанавливать пути под огнем противника. Еще до первых коммунистических субботников 1919 года многие железнодорожники работали дополнительные часы без оплаты на срочном ремонте паровозов для воинских эшелонов, на очистке путей от снега и т. д.
Большую работу по наведению порядка, дисциплины и организованности провело Советское правительство и на водном транспорте. Это дало возможность увеличить количество перевозимых по воде грузов для нужд фронта и тыла. Для лучшей координации работы железнодорожного и водного транспорта Советское правительство создало 1 ноября 1918 года Чрезвычайную транспортную комиссию. Решения комиссии были обязательны для всех органов Народного комиссариата путей сообщения и Главного управления водного транспорта.
Организация военного производства и мобилизация промышленности и транспорта на нужды войны значительно усилили обороноспособность страны, явились одним из решающих факторов превращения Советской страны в неприступную крепость.
Успех осуществления политики военного коммунизма успех перестройки всей жизни страны на военный лад зависели прежде всего от того, насколько Коммунистическая партия — ведущая и направляющая сила в системе диктатуры пролетариата — будет сплочена и организована, насколько тесно она будет связана с трудящимися массами и их организациями.
Роль Коммунистической партии в условиях диктатуры пролетариата, когда рабочему классу в союзе с трудящимся крестьянством приходится строить новое общество в обстановке бешеного сопротивления свергнутых революцией эксплуататорских классов, неизмеримо возрастает. Объединить, направить действия всех без исключения массовых организаций трудящихся на борьбу с интервенцией могла только Коммунистическая партия — авангард рабочего класса, высшая форма его классового объединения, его лучшая часть. Без организующей, направляющей роли Коммунистической партии немыслимо было осуществить мобилизацию всех сил страны на разгром врага.
В условиях ожесточенного натиска внешней и внутренней контрреволюции партия не могла бы справиться с этой задачей без укрепления своих собственных рядов, без крепких, идейно и организационно сплоченных партийных организаций, проникнутых единой волей, единым стремлением, без строжайшей централизации всей системы партийного руководства. Поэтому Центральный Комитет партии уделял огромное внимание вопросам укрепления рядов партии, партийной дисциплины, централизации партийного руководства, безусловного подчинения местных партийных организаций центру. Однако централизация никогда не означала для партии нарушения норм коллективности руководства, замены коллективного решения принципиальных вопросов — единоличным, и тем более не означала голого администрирования. Принцип коллективного руководства неуклонно соблюдался и в труднейших условиях гражданской войны. Для решения важнейших вопросов жизни Республики регулярно собирались Пленумы Центрального Комитета партии, ежегодно проходили съезды партии.