В 8 часов вечера был ранен Нельсон. Осколком ядра ему рассекло кожу на лбу, она широким лоскутом упала ему на глаза и заливала все лицо кровью. Нельсон упал на палубу, но опытный корабельный врач пришил кожу и перебинтовал голову. После лазарета Нельсон отправился на палубу.
Сражение было в самом разгаре. Французский 120-пушечный корабль «Ориент» медленно приближался к судну Нельсона, но удачно посланное ядро, пробив борт «Ориента», угодило прямо в пороховой погреб. Произошел взрыв такой силы, что, по словам свидетелей, его слышали французские солдаты, находившиеся в 25 милях от берега на египетской территории. Только на следующий день после боя Нельсон узнал, что на борту «Ориента» в трюмах находились сундуки с золотом и три миллиона золотых ливров для жалованья солдатам Наполеона в Египте. На дно ушли сокровища, реквизированные французами у мальтийских рыцарей, деньги, изъятые у римского папы и в Швейцарии. А битва продолжалась до утра.
Смертельно усталые матросы подчас падали и засыпали прямо у пушек, несмотря на оглушительный гром канонады. На рассвете от французского флота остались невредимыми лишь четыре судна под руководством адмирала Вильнева – они сумели покинуть ставшую западней Абукирскую гавань и вырваться в открытое море. Остальные корабли были уничтожены или стали добычей англичан. Эскадра Нельсона потерь в кораблях не имела. Потери британцев, посчитанные сразу же после битвы, составляли 218 убитых и около 677 раненых. Количество раненых и скончавшихся от ран неизвестно.
Французские потери значительно превосходили британские. Число пострадавших находилось в диапазоне от 2000 до 5000 человек, среди них более 1000 захвачено ранеными. Почти 2000 человек погибли (половина из которых стала жертвой взрыва французского флагмана). В течение нескольких недель после битвы море выбрасывало тела погибших моряков вдоль побережья Египта. Погибли командующий, четыре капитана, ещё семеро были тяжело ранены. Французскому флоту был нанесён серьёзный ущерб. Из 13 линейных кораблей Бонапарта одиннадцать отправились на дно. Средиземноморская эскадра Наполеона прекратила своё существование.
Из шести захваченных кораблей только три удалось восстановить до боеспособного состояния. Конвой трофейных кораблей под командованием Сумареса сначала остановился на Мальте, где помог местному восстанию, а затем отправился на базу в Гибралтар, куда прибыл 18 октября. После размещения раненых в военном госпитале и пополнения запасов конвой направился в Лиссабон.
Раненый адмирал Нельсон наблюдает с палубы «Вэнгарда» за гибелью французского флагмана
Битва при Абукире была названа «самым убедительным морским сражением эпохи парусного флота» и «самой восхитительной победой британского флота в XVIII веке». В одно мгновение изменилась стратегическая обстановка в Средиземном море, так как Английский флот вернул себе господство. Королевский флот блокировал французские и союзнические порты. Британские корабли отрезали Мальту от Франции, что вынудило французский гарнизон отступить к Валлетте. Последовавшая осада Мальты, длившаяся два года, принудила защитников из-за голода капитулировать.
Огромная армия Наполеона в Египте оказалась отрезанной от родины, что разом обесценило её значение. Теперь без прикрытия военного флота, погибшего в Абукирской бухте, Бонапарту нельзя было послать ни одного солдата на помощь. Из Египта невозможно было перевезти в метрополию ни грамма полезного груза. Теперь берега южной Европы больше не подвергались риску попасть под удар французского флота. В 1799 году британские корабли преследовали армию Бонапарта, продвигавшуюся по Палестине, и сыграли решающую роль в поражении французов при осаде Акры. Поражение вынудило Наполеона отступить в Египет и серьёзно расстроило его планы на Ближний Восток. Вот почему в том же году успешный генерал вернулся во Францию, вновь оставив свою армию.
Политический престиж англичан в глазах народов и правительств континента немедленно вырос. Османы, на союз с которыми после захвата Египта рассчитывал Наполеон, теперь выступили против Франции, помня о результатах битвы при Абукире. Это в значительной мере подорвало позиции французской армии, оставшейся в Египте. Победа Нельсона также вдохновила Австрийскую и Российскую империи в 1799 году объявить войну Франции. Русский флот вошёл в Ионическое море, а российские и австрийские войска отвоевали большую часть территории Италии, захваченной Наполеоном в прошлую войну. В 1801 году британский экспедиционный корпус разгромил деморализованные остатки французской армии в Египте. Королевский флот использовал своё господство в Средиземном море, чтобы высадить десант в Египте, не опасаясь засады у побережья. Франция лишилась стратегической инициативы в континентальной Европе и не могла вернуть её себе, пока Бонапарт не стал первым консулом.