В целях снабжения армии провиантом и деньгами Александрийский генерал-губернатор Клебер арестовал прежнего шейха этого города и большого богача Сиди-Мохаммеда Эль-Кораима. Его обвинили в государственной измене, хотя никаких доказательств не было. Шейху предложили дать за себя выкуп в размере 300 тысяч франков золотом. Однако Эль-Кораим оказался человеком стойким и денег не заплатил. Бонапарт приказал отрубить ему голову и провезти по всем улицам Каира с надписью: «Так будут наказаны все изменники и клятвопреступники». Подействовало. Большинство богачей оказались более покладистыми. Они отдали всё, что у них требовали. В кратчайший срок было собрано более 4 млн франков. Людей попроще «раскулачивали» без особых церемоний.
Все попытки сопротивления Наполеон подавлял безжалостно, что и произошло в конце октября 1798 года, когда началось восстание в самом Каире. Три дня участники успешно защищались в нескольких кварталах, а затем в городе несколько дней шли массовые показательные казни. События в Каире нашли отклик в других селениях, но и здесь протесты были подавлены карательной экспедицией. Всего во время октябрьского восстания было уничтожено три тысячи повстанцев. Французы потеряли около трехсот человек, при этом они обещали сравнять с землёй мечеть Азрах, призывавшую к восстанию. Террор для оккупантов был одним из методов удержания людей в покорности.
Несмотря на непопулярность, изоляцию в чужой стране и низкий моральный уровень французских солдат, встретивших нищую и враждебную нацию, Наполеон сохранял несокрушимый оптимизм. Он по-прежнему верил, что сможет обрести восточную империю, покорить Константинополь, а затем Индию. В феврале 1799 года Наполеон во главе 13-тысячной армии отправился в Сирию, чтобы предотвратить продвижение турецких отрядов в сторону Египта. Французская армия быстро захватила Аль-Ариш, Газу и Яффу. Правда, наступление не обошлось без затруднений. Не хватало воды, в рядах истощенного войска разразилась чума. Наконец, изнемогшие французы подошли к прибрежной крепости Сен-Жан д’Акр, которая благодаря ее стратегическому положению называлась «ключ к Палестине». В крепости стоял гарнизон британских моряков, а турецкие нерегулярные части охраняли форт. Между тем к Акру приближалась 25-тысячная турецкая армия Дамасского паши Абдаллы. Против неё выдвинулась дивизия Клебера. Обнаружившееся превосходство турецких сил заставило Бонапарта лично выйти им навстречу с большей частью осадного корпуса, оставив перед Акрой дивизии Ренье и Ланна. 16 апреля у горы Фавор произошло сражение, в котором турки были разбиты и бежали к Дамаску, потеряв до 5 тысяч человек и весь лагерь.
Защитников Акры поддерживала английская флотилия. Под командованием коммодора Сиднея Смита (1764–1840) было два линейных корабля, который усилил оборону крепости дополнительными пушками и канонирами. Кроме того, он выделил отряд из 800 человек морской пехоты. Осада Акры французами продолжалась 62 дня и делится на два периода. Первый длился с 19 марта по 25 апреля, а второй – с 25 апреля по 21 мая.
На первом этапе французы начали осаду города под руководством генерала Каффарелли. Французы блокировали город с моря, несмотря на превосходство английского флота в водах Акры. На втором этапе наполеоновские войска заняли часть крепости, но в результате яростного сопротивления осаждённых им пришлось покинуть занятый район, сняв осаду. У Наполеона не хватало осадной артиллерии, мало было и людей для массированного штурма. Не хватало снарядов, боеприпасов, а их подвоз по морю и суше был невозможен.
Турецкий гарнизон был сильным. Османам помогали британцы, поскольку оборону Акры организовывал Сидней Смит, который с моря подвозил подкрепления, боеприпасы, оружие, провиант. На самом деле сэр Смит был эмигрант-роялист Филиппо, однокашник Бонапарта по Парижской военной школе, предавший родину. Оба учились в классе профессора Монжа. Оба в один и тот же день держали экзамен у Лапласа и одновременно начали службу в артиллерии. После революции Филиппо эмигрировал, затем вернулся во Францию осенью 1797 года. Был арестован. После побега Сиднея Смита из Тампля он получил чин полковника английской службы и был направлен в Левант.
Форт Сен-Жан д’Акр оказался крепким орешком. Французская армия потеряла у стен Акры 1200 человек убитыми и 2300 были ранены или заболели, 800 из них вернулись в строй, 700 умерло в госпиталях, 1000 умерло от чумы – таков печальный итог авантюры. Многие солдаты ослабли физически из-за резких погодных перемен. Потери турок исчислялись десятками тысяч убитыми, ранеными и пленными, но кого это утешит.