Несмотря на решительную победу британцев, эта кампания иногда считается стратегически успешной и для Франции, так как Наполеону удалось продолжить войну на Ближнем Востоке, а позднее невредимым вернуться в Европу с плеядой генералов и маршалов, участвовавших в Средиземноморской кампании 1798 года. Кроме того, из бывшей французской эскадры даже в Египте были уничтожены не все французские суда. Помимо четырех кораблей и фрегатов, ушедших к Мальте и Корфу, в Александрии находились два 64-пушечных корабля, семь фрегатов, бригов и корветов; уцелело также и большинство транспортных судов. Это позволяло экспедиционной армии успешно вести походы из портов Южной Франции, Северной Италии и с Ионических островов.
Что касается наград Нельсона за успешный бой по уничтожению французского флота, то подробно осветим его параграфе 3.5 «Конец героя». Реальной заботой контр-адмирала Нельсона после исторического сражения являлось приведение кораблей эскадры в порядок, чтобы обеспечить их переход до Неаполя и Гибралтара, где сильно повреждённые корабли можно было поставить в доки. Уже 15 августа Нельсон получил приказ: срочно идти на северо-запад. Адмирал срочно приказал сжечь три французских корабля, которые не были готовы к переходу. Одна часть его эскадры осталась блокировать Бонапарта, другая пошла в Гибралтар с призами, а сам он с тремя кораблями отправился в Неаполь.
2.4. Поражение египетской экспедиции и триумф государственного переворота во Франции
Наполеон узнал о гибели французского флота только 13 августа. Человек сильного характера, Наполеон, получив ужасное сообщение, не впал в уныние. Он испытывал, как с ним часто бывало во время критических ситуаций, большой прилив энергии.
До сих пор операция по захвату Египта протекала для Наполеона успешно: ведь Каир, второй из двух больших египетских городов, был занят. Практически местное население не думало сопротивляться. В городе Бонапарт издал специальное воззвание на местном языке, где призывал людей успокоиться. Однако он одновременно приказал покарать селение Алькам недалеко от Каира: его жителей подозревали в убийстве нескольких солдат.
В городе обнаружили значительное количество продовольствия. Солдаты были довольны добычей, которую захватили в битве у пирамид. Генерал Клебер успешно подчинил дельту Нила. Отряд Дезе был направлен для наблюдения за Мурад-беем. Преследуя мамлюков, генерал Дезе нанёс им поражение 7 октября при Седимане и утвердился в Верхнем Египте. Ибрагим-бей после нескольких неудачных стычек с французами совсем ретировался в Сирию.
После захвата Каира Бонапарт смог приступить к реорганизации египетской системы управления. Вся основная власть была сосредоточена у французских военных комендантов городов и селений. При них был учрежден совещательный орган («диван») из наиболее именитых и состоятельных местных жителей. Коменданты при поддержке «дивана» должны были следить за порядком, контролировать торговлю и защищать частную собственность. Мечети и мусульманское духовенство не подвергались притеснениям, пользовались уважением и были неприкосновенны. Веротерпимость французских оккупантов должна была успокоить местное население. В дальнейшем мусульманское духовенство даже объявило Наполеона «любимцем великого пророка». Планировалось упорядочить сбор налогов и податей, а также организовать доставку продуктов для содержания французской армии. Все земельные поборы, которые взимали беи-мамлюки, были отменены. Земельные владения феодалов, которые бежали с Мурадом и Ибрагим-беем на юг и восток, были конфискованы. Наполеон пытался покончить с феодальными отношениями и найти опору среди арабских торговцев и землевладельцев. Действия французов были направлены на создание военной диктатуры и буржуазного миропорядка.
Надо отметить, что Наполеон не зря взял с собой цвет французской науки. Двадцативосьмилетний полководец хорошо осознавал, какую большую пользу могут принести учёные, если их деятельность направить на решение военных, экономических и культурных задач. В плане египтологии экспедиция Бонапарта сыграла огромную роль, так как древняя цивилизация была открыта для мировой науки. Однако необходимо отметить, что французы, а затем и британцы основательно пограбили наследие египетской цивилизации. При этом находившиеся там учёные играли роль «проводников и оценщиков» награбленного добра. Надо помнить, что в 1798 году был учрежден Институт Египта, который положил начало масштабному разграблению наследия древней египетской цивилизации. Но денег собирали меньше, чем рассчитывали. Тогда французы нашли другой способ добывания звонкой монеты.