Правда, на острове Абукир была построена батарея, но из-за слабости установленных на ней шести орудий и дальности расстояния она не могла остановить прорыва кораблей противника, которые легко прошли между отмелью и северным флангом первой линии.
На первый взгляд казалось, что позиция французского флота почти неуязвима. 13 линкоров вице-адмирала Брюэса стояли стеной, прикрывая вход в Абукирскую бухту. Их фронт вплотную примыкал к прибрежным отмелям, что, как полагал французский командующий, исключало возможность проникновения англичан в бухту. По этой причине на французских кораблях к бою подготовили лишь артиллерию бортов, обращенных к морю. Брюэс, ожидая подхода Нельсона с запада, расположил сильнейшие линкоры, включая флагманский «Ориент», в хвосте колонны, обращенной к Нильской дельте. Разведка, а также охранение не были организованы. Треть личного состава находилась на берегу, остальные занимались ремонтом кораблей.
Для англичан 1 августа 1798 года был знаменательным днём. После 60-дневных поисков неприятеля они обнаружили французский в мелководной бухте. Там находились 13 линейных кораблей, три фрегата, 400 транспортов, 10 тысяч матросов и 1183 морских орудия генерала Бонапарта. Солнце клонилось к закату, а французский адмирал, командир эскадры Брюэс был уверен, что Нельсон едва ли рискнет начать сражение до рассвета в заливе, где было много подводных рифов и отмелей.
Как только Брюэс узнал о появлении англичан, на совещании подтвердил своё решение принять бой. Должны были последовать приказы о готовности к выходу в море, но вице-адмирал не стал этого делать, ибо моряки с берега прибыли на корабли только около 21 часа. Командующий решил принять бой, стоя на якоре. Казалось, что всё было учтено, и противник, дерзнувший атаковать, был обречен на неудачу. Однако вице-адмирала Брюэс глубоко ошибался, так как имел дело с Нельсоном, когда невозможно что-либо предугадать.
Флот под командованием контр-адмирала Горацио Нельсона имел 14 линейных кораблей с 8 тысячами человек и 1012 орудий. Обнаружив французский флот, Нельсон приказал поднять сигнал «приготовиться к сражению», а про себя думал: «Завтра к этому времени я заслужу или лордство, или Вестминстерское аббатство (почетную могилу)». Английский адмирал стал действовать нестандартным образом. Несмотря на вечер, одной из колонн Нельсон приказал втиснуться между неприятельским фронтом и прибрежными отмелями, пренебрегая риском посадки кораблей на мель. В результате французский флот попал в положение между двух огней.
Когда около 16 часов Брюэсу доложили о приближении неприятеля, то он остался спокойным. Он был уверен, что вечером противник атаковать не будет. Значит, в запасе целая ночь. За это время можно было дождаться возвращения части экипажей, отправленных на берег за водой, перестроить колонну и к рассвету встретить неприятеля во всеоружии.
Но английский адмирал дал французам на раздумье не всю ночь, а всего 45 минут. Командующий французской эскадрой при Абукире, стоявший растянутой колонной вдоль вектора ветра, не допускал мысли, что Нельсон попытается вклиниться между ними и берегом. Колонна английских кораблей полным ходом рванула к головной части линии противника и открыла огонь. При этом часть кораблей вошла в промежуток между берегом и противником, обстреливая не подготовленные к бою борта французов. Англичане постепенно продвигались вдоль враждебной линии, громя один французский линейный корабль за другим.
Потрепанный бурей 74-пушечный корабль Нельсона «Вэнгард» избежал опасных подводных скал, занял выгодную позицию и стал на якорь. Одновременно остальные корабли английского адмирала разместились вдоль противоположных бортов кораблей французов, готовые к бою. Только один английский корабль сел на мель. Теперь у англичан оказалось 1012 орудий, у французов – 1183. Разыгрался жаркий бой. Через два часа два передовых корабля французов были выведены из строя.
Сражение в бухте Абукира длилось уже несколько часов, а пять кораблей и два фрегата арьергарда французов в нем так и не приняли участия. Хотя было очевидно, что их пушки могли изменить ход сражения в пользу французов. Командующий этой группой кораблей французский контр-адмирал Вильнев мог рассчитывать на победу, так как в тот момент французские корабли оказывались сильнее. Однако он так и не пришел на помощь. Позднее он оправдывался тем, что в дыму не мог прочесть приказ командующего эскадрой.
Около 21 часа на флагманском корабле «Ориент» вспыхнул пожар. Он пылал как факел. Через час корабль разнесло в щепки, что на полчаса прервало сражение. Надо напомнить, что самом начале сражения французский адмирал Брюэс получил ранения в лицо и руку, но продолжал командовать, оставаясь на капитанском мостике. Однако вскоре был тяжело ранен осколком ядра и быстро скончался. После смерти адмирала произошли серьёзные события с пожаром на флагманском корабле французов.