Командовал финальным концом Египетской экспедиции контр-адмирал Оноре Жозеф Антуан Гантом. Он с 6 мая 1798 года занимал пост начальника Генерального штаба морской армии у адмирала Брюэса, затем командовал флагманским кораблем эскадры «Ориент», который был взорван в Абукирском сражении. Сам Оноре Гантом чудом избежал гибели, был тяжело ранен. После его выздоровления Наполеон Бонапарт произвёл Гантома в контр-адмиралы и назначил командиром корабля «Ле Коссе» и эскадры у берегов Малой Азии и в устье Нила. Несмотря на свою слабость, эскадра Гантома оказывала сухопутной армии французов возможное содействие в боях при Лерфи, Гацци и во взятии форта Абукир.
После предоставления по распоряжению Н. Бонапарта четырёх кораблей для возвращения во Францию он лично принимал командование новым 44-орудийным фрегатом «Мюирон», названным в честь адъютанта Жана Батиста Мюирона, спасшего Наполеона ценой собственной жизни в бою на Аркольском мосту 15 ноября 1796 года.
Таким образом, будущий император Франции Наполеон оказался на фрегате «Мюирон», а его генералы – на судне «Карреру». Контр-адмирал Гантом решил идти на запад, вдоль африканского берега. Он выбрал самый безопасный путь, но и самый трудный, из-за неблагоприятных ветров в это время года. Если плыть возле Крита, потом через Мессинский пролив между Сицилией и Калабрией, то значит подвергнуть себя риску встречи с вражескими боевыми кораблями. Столкновение с врагом в море могло бы закончиться катастрофой. Если такая встреча могла случиться, то фрегат «Мюирон» должен завязать бой, тогда как остальные корабли должны были искать спасения у близкого берега. Погода не способствовала беглецам. Дул встречный ветер. За первые 13 дней пути корабли прошли 20 миль. Только 11 сентября ветер сменил направление и наполнил паруса. 13 сентября корабли миновали руины Карфагена.
Очень интересно, что в начале сентября русская эскадра Ушакова, вышедшая из Палермо, разошлась с судами Бонапарта на расстоянии примерно 100 км. Переход в открытом море от берегов Африки к берегам Сардинии был самым опасным местом маршрута. Отклонись русская эскадра чуть левее, ход истории мог существенно измениться.
В ночь с 21-е на 22-е корабли минули острова Лампедуза, а через день на горизонте показался большой остров Понтеллерия. За целый месяц перехода путникам не встретился ни один корабль. Казалось, что им повезло. Но утром 25 сентября корабли едва не столкнулись со стоящей на якоре за мысом Бон английской эскадрой. Возможно, что неприятельские наблюдатели проморгали корабли Бонапарта. Только один случайный взгляд рядового матроса мог изменить европейскую историю, но судьба хранила Бонапарта.
Проскочив мимо английского кордона, Гантом переменил направление. При этом попутный ветер гнал суда с большой скоростью. Суда обошли западный берег Сардинии, а 28 сентября корабли прошли мыс Фальконе. Утром прошли пролив Божиначо, отделяющий Сардинию от Корсики, и пошли вдоль западного берега Корсики. Днём 30 сентября беглецы находились в 20–30 милях от столицы Корсики.
Послали разведчиков, чтобы узнать, в чьих руках остров, но ветер крепчал, надвигался шторм. Контр-адмирал Гантом решил рискнуть и с рассветом, не дожидаясь возвращения разведчиков, пошёл к суше. При подходе к берегу моряки увидели разведчиков и узнали, что Корсика в руках французов. 1 октября на полных парусах корабли вошли в Аяччо, родину Наполеона.
Проведя максимально укороченную процедуру карантина, портовые служащие позволили командам и пассажирам сойти на берег. Чтобы увидеть победоносного генерала, в городе появилась огромная толпа местных жителей. Несколько проведенных в Аяччо дней стали для Бонапарта отдыхом на тернистом пути. Большую часть времени генерал в одиночестве проводил в пустом родительском доме. Из газет он узнал о поражениях своих сограждан в Швейцарии и Италии, о русско-английском десанте в Голландии, об отставке Талейрана и смене команды директоров.
За это время море немного улеглось, и вечером 6 октября корабли Бонапарта продолжили путь. Вроде опасность миновала, но через два дня в лучах заходящего солнца на горизонте показались паруса. Адъютант Бонапарта сообщил, что видит паруса 22 кораблей на расстоянии примерно шести морских миль. Возможно, это была эскадра лорда Кейта или адмирала Нельсона. Гантом хотел возвращаться на Корсику, но Бонапарт впервые за время перехода применил власть и приказал продолжать движение. Уже ночью достигли корабли прибрежных вод Франции. Вражеской эскадры больше не было видно. Высадку решили отложить на утро. Топографы установили, что находятся недалеко от порта Фрежюс. Эскадра на всех парусах вошла в спасительную гавань. Слава богу, добрались.
Фрежюс, расположенный южнее горного массива Эстерель в 26 км к западу от Канна и в 110 км от Марселя, – крупный курорт на Лазурном Берегу Франции. Морскую гавань на месте современного города с песчаными пляжами и стоянками для яхт заложил для своего флота ещё Юлий Цезарь.