Совместная морская экспедиция с новыми союзниками позволила Фёдору Ушакову ознакомиться с состоянием турецкого военного флота. Оказалось, что турецкие суда достаточно совершенны. «Все корабли обшиты медью, и отделка их едва ли уступает нашим в лёгкости… Артиллерия вся медная и в изрядной исправности». Несоразмерность в вооружении и оснастке кораблей вызывали низкое качество парусов и плохое качество экипажей. Дело в том, что на турецкие корабли команды иногда набирались из невольников или из людей «с улицы», завербованных насильственным путём. На это указывал и высокий уровень дезертирства с кораблей. Но и выучка офицеров, оснащённых современными картами, приборами и компасами, должна была быть значительно лучше.
Русская эскадра, пришедшая из Севастополя, тоже была не в лучшем состоянии. Ведь она строилась в большой спешке (для участия в войне 1787–1791 гг.) из невыдержанного дерева, была плохо подготовлена для зимнего плавания. Корабли были недостаточно манёвренными, корпуса не обшиты медью и поэтому требовали частых килеваний (наклон судна с целью осмотра и ремонта его подводной части). Только подготовка корабельных команд была значительно выше, чем у турок. Действительно, флот был не в идеальном состоянии и требовал многих технических решений.
В союзных переговорах в Константинополе принимал участие представитель английского правительства С. Смит, который настоял на том, что союзная эскадра должна оказывать поддержку английским морским силам у берегов Египта. В последних числах августа 1798 года был определён состав объединённой эскадры и план военных действий. Для непосредственных действий против французов в Восточном Средиземноморье создавалась объединённая русско-турецкая эскадра под командованием вице-адмирала Ушакова. Основной зоной действия флота союзников определялись Ионические острова. Это архипелаг островов в западной и юго-западной части Греции. Своё название острова получили от одноимённого моря, которое омывает берега островов в своей восточной части. К основным островам архипелага, если смотреть с севера на юг, относятся: Керкира, Пакси, Лефкас, Итака, Кефанилия, Закинф (Занте) и Китира (Цериго). Ионические острова – единственная часть Греции, никогда не бывавшая под властью Османской империи. В 1797 году генерал Бонапарт, покорив Венецию, захватил и Ионические острова, которые присоединил к Франции. Все эти острова имели большое стратегическое значение. Они являлись ключевой позицией для продвижения в Турцию и обеспечивали возможность господства в Адриатике и восточной части Средиземного моря, а также как плацдарм для экспансии на Балканский полуостров. Вот что писал Наполеон: «Острова Корфу, Занте и Кефалония важнее для нас, чем вся Италия».
Союзный русско-турецкий флот включал 10 линейных кораблей (шесть русских и четыре турецких), 13 фрегатов и корветов (пять русских и восемь турецких), семь малых судов и 14 канонерских лодок. Кроме этого, из Севастополя после ремонта ожидался приход двух новых 74-пушечных русских кораблей. С этим соединением должна была взаимодействовать английская эскадра Горацио Нельсона, которая находилась в Неаполе. Правда, после битвы под Абукиром и транспортировки в Неаполь она представляла собой жалкое зрелище. Тем не менее Нельсон работал над прокламацией к жителям Ионических островов, в которой предлагал покровительство и содействие королевского флота. Этот документ предполагалось обнародовать, когда англичане разделаются с французами на Мальте и в Южной Италии, а экспедиция Ушакова к Ионическим островам почему-то якобы затягивалась.
Союзная эскадра приступила к освобождению Ионического архипелага только 25 сентября 1798 года. В течение полутора месяцев от французов были очищены четыре из семи островов (Цериго, Занте, Кефалиния и о. Святой Мавры). Подробное описание военных событий при освобождении островов будет приведено в следующей главе. Теперь остановимся на трудностях, которые ожидали вице-адмирала Ушакова при штурме островов архипелага.
В процессе сражений Ушаков понял, что сами турки без русских не могли бы освободить острова потому, что тогда местные жители, выбирая между турками и французами, предпочли бы встать на сторону французов. Например, занятие острова Занте (второго по значению в архипелаге после Корфу) облегчалось действиями более восьми тысяч вооружённых крестьян, которые пришли со всех концов острова и под российским флагом помешали французскому гарнизону отражать высадку русского десанта.