Карл Великий не только продолжил начинания предшественников, но стал, по сути, главным организатором церковной жизни в королевстве. По его инициативе регулярно собирались церковные синоды, чьи решения по очень широкому кругу вопросов он утверждал и помогал проводить в жизнь собственной властью. Он настоял на принятии тезиса о нисхождении Святого Духа не только от Бога-Отца, но и от Бога-Сына (т. н.
Карл являлся подлинным главой франкской церкви, которую позднейшие историки с полным основанием назовут имперской. При активной поддержке государственной власти на всей территории королевства были основаны сотни обителей и построены сотни соборов. Император назначал лично преданных ему епископов на ключевые кафедры и ставил надежных аббатов во главе ведущих монастырей, требуя от тех и других не только политической лояльности, но действенного участия в реорганизации церковной жизни на местах. При этом монастыри выводились из-под юрисдикции местного епископата и поступали в прямое подчинение королю. А иные обители, как, например, Мармутье при Алкуине или Сен-Рикье при Ангильберте, стали по-настоящему образцовыми бенедиктинскими аббатствами каролингской эпохи и одновременно своеобразными «полигонами» церковных реформ.
Самого Карла современники именовали «государем и отцом, царем и священником, благоразумнейшим правителем всех христиан» и открыто признавали за ним право на духовное лидерство. Наглядным выражением этих представлений стала церковь Св. Девы Марии, возведенная к началу 800-х гг. в Аахене, любимой резиденции великого императора. Карл попадал в церковь по крытому переходу прямиком из дворца и сразу оказывался на галерее, символически возвышаясь над всеми остальными подданными, включая священников.
Внутреннее пространство капеллы также было организовано предельно символично. Королевский трон находился на втором ярусе, на той же высоте, что и главный алтарь, посвященный Христу, а к трону вело столько же ступенек, сколько было у трона царя Соломона. Это означало, что правителю отводилось на земле то же место, что и Христу на небесах, а в земном владыке, как и в небесном, видели, прежде всего, справедливого судью. Наконец сам трон располагался в одной из центральных арок таким образом, что только взору восседающего на нем государя в полной мере открывалась величественная мозаика в церковном куполе — апокалиптическая сцена поклонения 24 старцев Агнцу, срывающему печати с Ковчега Завета. На миниатюре в знаменитом «Золотом кодексе», созданном в мастерской Сен-Дени около 870 г., изображен Карл Лысый, внук великого императора. Государь с трона своего деда взирает на аахенскую мозаику, а его свита внимательно наблюдает за медитирующим правителем. Было ли так на самом деле, точно неизвестно. Важно, однако, что именно такой порядок взаимодействия земных и небесных сфер представлялся современникам правильным.
В этой жесткой и строго ориентированной на франкского правителя церковной системе римскому папе отводилась пусть и важная, но все-таки второстепенная роль. До начала IX в. понтифики не располагали сколько-нибудь заметным влиянием на внутрифранкские церковные дела и мало чем отличались от других крупных прелатов, которых Карл назначал по своему усмотрению. Они интересовали короля франков скорее как руководители апостольской церкви, единственной на Западе и потому наиболее авторитетной, ведь у ее истоков стояли ближайшие ученики Христа. По всей видимости, именно с нежеланием возвышать папство связано недовольство Карла по случаю слишком активного участия понтифика в процедуре императорской коронации. Ведь корону на голову франкского государя, кажется, возложил именно Лев III, незадолго до того спасенный Карлом из рук заговорщиков. Очевидцы утверждали, что от этого поступка новоиспеченный император пришел в ярость. По словам Эйнхарда, Карл ни за что бы не пошел в тот день в церковь, если бы знал о намерениях папы. Несколько лет спустя, передавая корону собственному сыну Людовику, он держал на почтительном расстоянии от нее уже не только папу, но даже собственных епископов — во избежание нежелательных прецедентов.