На востоке быстро возрастала угроза со стороны узбекских правителей Трансоксианы, которые после 1505 года стремились расширить свою власть на Хорасан. Опасность стала острой после краха султаната Тимуридов со столицей в Герате. В то время, когда Исмаил только начал свои завоевания, этим государством правил султан Хусейн Байкара (1469–1506), один из потомков Тимура, известный покровитель наук и искусств, при дворе которого был создан ряд величайших шедевров иранской культуры. Однако даже при его жизни плохое здоровье и постоянные ссоры с сыновьями стали подтачивать основы государства, а после его смерти мощные нападения узбеков под предводительством их энергичного лидера Мухаммеда Шейбани-хана (известного также как Шайбак и Шайбек, 1451–1510) привели к краху. Шейбани-хан начал завоевания несколько раньше, чем Исмаил Сефеви, между 1495 и 1500 годами он покорил большую часть Трансоксианы. В 1505 году вторгся в государство Хусейна Байкара, которое тогда включало Тохаристан (Бактрию), Кандагар и спорные территории Горгана и Мазендерана. А если учесть еще и весь Хорасан, можно утверждать, что это было преимущественно иранское государство. В 1508 году узбекский лидер разгромил сына и преемника Хусейна Байкара, Бади аз-Замана, который нашел убежище при дворе Сефевидов. С ним Тимуриды исчезли с иранской, но не с индийской территории. Сам Исмаил вступил в конфликт с узбеками, когда они начали проникать в Западный Хорасан. 1–2 декабря 1510 года две армии сошлись в кровопролитном сражении на реке Мерв, которое завершилось, благодаря военной хитрости, победой Исмаила. Узбекский хан был убит, а узбеки утратили завоеванные территории, расположенные к югу от Оксуса (Амударья). Исмаил вошел в Герат с триумфом. Имея в виду укрепить и обеспечить безопасность своих новых владений с помощью аванпостов в Трансоксиане, он оказал помощь тимуридскому правителю Кабула Бабуру, который пытался отобрать Самарканд у узбеков. Совместные силы Тимуридов и Сефевидов вошли в город в 1512 году, но в конце концов были разгромлены узбеками, которые немедля вторглись в Хорасан, вынудив Исмаила начать новую восточную кампанию в 1513 году.
Положение на востоке едва начало стабилизироваться, когда началась ссора с Османской империей на западе. Трон в Константинополе в 1512 году перешел к Селиму I Грозному, который принимал жесткие меры для искоренения шиитских сообществ в Анатолии. Он не без оснований считал, что слияние шиитских религиозных идей с новыми очевидными политическими амбициями Сефевидов возбудит крамольные мысли у его шиитских подданных. В хрониках говорится о жестоких гонениях, которые, вероятно, вызвали глубочайшее возмущение Сефевидов. Другим фактором, существенно ухудшившим отношения между османами и Сефевидами, было отношение