Войска Сефевидов убили большое количество суннитов, других продали в рабство. Восстановленные святыни Абу-Ханифы и Абд аль-Кадира аль-Гилани опять были разрушены. Сарай в Багдаде, который до сих пор используется как резиденция правительства, был построен правителем из Сефевидов. Киркук и Мосул тоже оказались в руках иранцев, но только на несколько месяцев. В Басре Афрасиаб (умер в 1624 году), а затем его сын и преемник Али отразили атаки иранцев в 1624–1625 и 1629 годах, но иным образом в войне не участвовали. Арабские и курдские племена, насколько это их затрагивало, переходили с одной стороны на другую — в зависимости от капризов военной фортуны. Османское правительство намеревалось вернуть Багдад, и после неудачных попыток в 1625 и 1630 годах сочло удачным момент, когда Иран был ослаблен смертью шаха Аббаса. Султан Мурад IV лично выступил в поход во главе большого войска и в 1638 году принял капитуляцию Багдада от его правителя из Сефевидов. Некоторые особо рьяные солдаты гарнизона продолжали сражаться, и османские войска истребили часть шиитского населения города. Султан приказал восстановить разрушенные святыни и санкционировал продолжение шиитского паломничества. Он также оставил в городе большой гарнизон янычар. Хотя в 1639 году мир был восстановлен и продлился до падения Сефевидов, Багдад еще долго после этой войны оставался малонаселенным и не таким процветающим, как раньше. Его история во второй половине XVII века была лишена значимых событий. Имело место лишь несколько столкновений между янычарами и местной армией, которую приходилось содержать для возможности действий против племен.
В Басре Афрасиаб и Али сохраняли хорошие отношения с племенами и возродили торговлю, допустив европейские суда. Португальцы, лишившись Бахрейна и Ормуза, активно использовали порт. Семейные распри после смерти Али (около 1652 года) позволили вали Багдада захватить Басру, однако народное восстание в 1654 году восстановило на троне сына Али, которого звали Хусейн. Он был в конце концов смещен войсками, посланными из Багдада в 1668 году. Династии Афрасиаба пришел конец, и провинция Басра стала территорией, зависимой от паши Багдада.
В конце XVII века, пока провинциальная администрация под руководством сменявших друг друга вали становилась все слабее, среди племен происходили важные события. В низовьях Евфрата несколько мелких племен, включая болотных арабов, объединились в племенной союз
Османо-иранская граница не была четко обозначена, а на область Шахразур, протянувшуюся до Киркука, претендовал курдский правитель Ардалан, иранский вассал. Позже в этом регионе возникло новое государство, которое возглавила династия Бабан. Ее основатель Ахмад аль-Факих был религиозным лидером — это явление часто наблюдалось в Курдистане. Около 1677 года его внук Сулейман-бей обосновался в местечке Кала-Чолан и был признан Портой отдельным правителем. Он и его преемники продвигались в южном направлении за Ханакин и в восточном направлении — в Иран. В начале XVIII века османская власть была восстановлена вали Багдада по имени Хасан-паша, и на короткое время Шахразур стал вилайетом со столицей Киркук. Отпрыски династии Бабан помогали османским силам в иранских войнах 1723–1746 годов и заслужили официальное признание с титулом «паша». Их правление было нестабильным из-за междоусобной борьбы, в которой противоборствующие претенденты получали помощь от вали Багдада и иранских правителей Кирманшаха, в то время как их непрерывные посягательства беспокоили и тех и других. В 1783–1784 годах Ибрагим-паша Бабан основал свою столицу Сулейманию[10]. Другие курдские государства имели только местную важность, за исключением разве что Битлиса, где курды и армяне жили в согласии и процветании. Одним из правителей Битлиса был историк курдов Шараф ад-Дин Бидлиси[11].