После смерти дея Юсуфа в 1637 году Хамуда-бей достиг доминирующего положения, несмотря на череду из двадцати или более деев, и именно он отразил мальтийскую атаку на Голетту в 1640 году, а также отказался подчиниться ультиматуму адмирала Блейка, когда тот, уничтожив девять тунисских или турецких кораблей в Порто-Фарина, стал угрожать Тунису. «Нам дает все необходимое земля с помощью испанцев, — сказал Хамуда. — И нам ничего не нужно с моря. Поэтому тот, кто захочет вести с нами переговоры, пусть сойдет на берег…» Его преемник Мурад II (1659–1671) пошел еще дальше. Он поместил в заключение дея Али Лаза в 1671 году и стал править полунезависимым государством из дворца Хафсидов Бардо, что недалеко от Туниса. После его смерти начались стычки между его братом и двумя его сыновьями, но дей не сумел воспользоваться возможностью и восстановить свое главенствующее положение. Но в процессе столкновений одна из противоборствующих сторон позвала на помощь алжирцев, и в результате алжирские войска сыграли главную роль в десятимесячной осаде Туниса. Так началось алжирское вмешательство в тунисские дела, которое продолжалось с небольшими перерывами почти до конца турецкого периода. Это подчеркнуло смутную претензию на алжирское главенство, которому всегда противилось, и, как правило, успешно, родственное регентство. Хотя алжирский дей Шабан в период между 1688 и 1695 годами дважды навязывал своих беев Тунису, их в обоих случаях удалось быстро изгнать. Война началась в 1700 году, когда тунисские войска под командованием бея Мурада III убили турецкого бея Константина и двинулись на Сетиф, где были разбиты и вернулись в Тунис. Там имела место еще одна внутренняя революция, во время которой ага сипахов Ибрагим убил оставшихся в живых членов дома Мурадидов, которые пожелали стать наследственными правителями, и навязал себя в качестве бея. Это было в 1702 году. Двумя годами позже он также принял титул дея и устроил свое назначение пашой. Таким образом, он объединил три ведущие должности. В 1705 году он был убит при Кефе, отражая очередное алжирское нападение. Его кавалерийский командир Хусейн ибн Алиат-Турки собрал разгромленные войска, ушел в Тунис и был провозгдашен беем (1705–1735). Ликвидировав должность дея, он стал фактическим правителем, и, когда в 1710 году было решено, что сын должен стать его преемником, родилась новая династия, правившая Тунисом 250 лет. Сам Хусейн ибн Али правил тридцать лет, из которых первые двадцать были годами процветания и спокойствия. Тунисский писатель Мухаммед Сагир, автор труда al-Mashra' al-Maliki, писавший через несколько лет после смерти Хусейна, рассказал о вновь обретенной безопасности, заселении сельской местности, строительстве домов, восстановлении и укреплении Кайруана, постройке акведуков и других общественных работах. Своим предполагаемым преемником Хусейн долго считал своего племянника Али, который работал с племенами — собирал налоги, следил за порядком. Но когда его собственный сын, рожденный от генуэзской девушки, достиг пятнадцатилетия, Хусейн передал должность ему и попытался умиротворить Али, дав ему почетный титул паши. Али сначала покорился, потом взбунтовался и, в конце концов, бежал в Алжир. Дей Алжира оказал ему гостеприимство, оставаясь нейтральным, но позже решил поддержать его, и в 1735 году алжирская армия захватила Тунис и возвела Али на трон, а бей Хусейн оставался еще пять лет в Кайруане. В 1740 году, когда город пал, Хусейн был обезглавлен своим захватчиком, сыном Али. Новый правитель, известный как Паша Али (1735–1756), был дельным человеком, но безжалостным тираном, который, не колеблясь, подвергал пыткам богатых людей, которым не повезло вызвать его подозрения, чтобы заставить их отдать все свое богатство. Не больше милосердия он проявлял в отношениях с арабскими племенами или другими оппонентами. В 1737 году он узнал из перехваченной переписки, что деятели французской торговой компании, расположенной возле Бона в Алжире, имеющей филиал, занимающийся выловом рифовых рыб в Тунисе, намерены захватить генуэзские владения в Табарке. Их цель — не только увеличение французской торговли, но также получение территории, откуда можно «господствовать над Тунисом и всем Варварским берегом». Паша опередил их и сам захватил генуэзское хозяйство, а затем и французское. Правда, он позже разрешил возобновить торговлю. В конце его правления ему пришлось столкнуться с восстанием его собственного сына, Юнуса. Оно было подавлено, но вслед за ним имело место алжирское вторжение от имени беев Мухаммеда и Али, двух сыновей дяди, которого он сверг. Экспедиционные силы возглавлял бей Константина, и захват города сопровождался жесточайшим разграблением, которое два принца не смогли предотвратить. После захвата только с большим трудом удалось заставить алжирского бея Константина, который надеялся сам стать правителем, уйти. Мухаммед стал беем, согласившись платить ежегодную символическую дань Алжиру. А немного раньше имело место временное отступление, вызванное восстанием местной турецкой милиции вместе с частью захватчиков. Мухаммед правил три года (1756–1759). После его безвременной кончины правителем стал его брат, Али-бей (1759–1782). Под его правлением Тунис, оправившись после гражданских беспорядков, стал процветать. Али позволил французам открыть новые торговые поселения в Бизерте и на островах Галит (1770), а позже и в районе Кап-Бон. И это несмотря на спор, вызванный французской аннексией Корсики в 1768 году и их требованием, чтобы Тунис вернул корсиканские корабли, захваченные им, когда Корсика была генуэзской, а значит, пребывала в состоянии войны с Тунисом.