В конце правления Ахмада стоимость его реформаторских проектов вкупе с его склонностью к излишествам в личной жизни привела к росту налогов, что спровоцировало восстания. Во время правления его преемника Мухаммеда (1855–1859) осуждение на смерть иудея за богохульство в адрес мусульманской веры вызвало такое сильное давление британского консула сэра Томаса Рида и французского консула Леона Роша, что привело к появлению Фундаментального пакта, и бей поклялся соблюдать Декларацию прав. Этого потребовал также тунисский реформатор Хайр ад-Дин, но не оценили широкие массы. Они увидели в этой мере растущее влияние иностранцев, их новые концессии и постоянно растущее налогообложение. Несмотря на трудности, Русско-турецкая война, частью которой была Крымская кампания, привела к отправке сначала животных, а потом людей — 10.000 человек — из Туниса в Константинополь. Эта сила была использована против русской армии в Батуме, что на Черном море, где около 5000 человек погибло.
Итоговый кризис произошел во время правления Мухаммеда ас-Садика (1859–1882). Он хотел продолжать модернизацию и разоружить европейских критиков, издав конституцию на основе Фундаментального пакта. На самом деле расчет на манипулирование разногласиями между иностранными державами вместо работы над собой снизил волю и способность властей к сопротивлению до нуля. Расходы возросли, а с ними и налогообложение. Люди проявляли недовольство, не видя необходимости в инновациях и считая их результатом иностранного влияния. Иностранные займы на грабительских условиях были получены хазнадаром — казначеем Мустафой, который находился в должности с 1837 года и возмутительно обогатился на этих сделках. Тем временем в результате объединения Италии появился новый потенциальный интервент, и началось драматическое соперничество между французским и итальянским консулом. В 1864 году началось восстание, возглавленное беем, направленное на снижение личных налогов, установленных Мустафой во время предыдущего правления, и ликвидацию конституции. Народ был за турецкую интервенцию, но ее не допустили французы. Наконец, в 1868 году была создана международная комиссия, в которую вошли два итальянца и два британских подданных с Мальты, представлявшие местных кредиторов, два тунисца и французский финансовый эксперт — представитель французских банкиров, которые выдавали займы. Тунис обязался отдавать половину государственных доходов на погашение займов, что гарантировалось таможенными расписками. В 1873 году хазнадар Мустафа наконец был смещен с должности. Его обязали вернуть в казну 35 миллионов франков, от чего ему удалось уклониться. Большие надежды возлагались на Хайр ад-Дина, черкеса по происхождению, бывшего раба, прославившегося либеральными мерами на протяжении первых двух правлений. В 1871 году он уже обеспечил выпуск имперского фирмана, который подтвердил турецкую верховную власть, отказавшись от всех видов дани. В течение четырех лет он пытался привести в порядок тунисскую администрацию, но был уволен беем в 1877 году, после чего уехал в Константинополь, где в течение короткого времени занимал пост великого визиря. К этому времени единственной твердой гарантией тунисской независимости было отношение британского правительства. В 1878 году и она исчезла, когда лорд Солсбери отозвал свои возражения против французских планов в Тунисе в обмен на французское согласие на британскую администрацию Кипра. Тремя годами позже, в 1881 году, французы воспользовались вторжением тунисских племен на алжирскую территорию как поводом для высадки военных сил в Бизерте. Другой корпус вторгся в Тунис из Алжира. Они начали наступление на резиденцию бея (дворец Бардо) в Кассар-Саиде и навязали договор, разрешивший французскую военную оккупацию, отобравший все полномочия в международных делах и финансах у бея и уполномочивший французского министра выступать в роли посредника между французским и тунисским правительством во всех делах, имевших общий интерес. Новость о капитуляции бея спровоцировала восстание на юге Туниса, во время которого был обстрелян и через десять дней взят Сфакс (июль 1881 года). Кайруан был занят в октябре, Гафса и Габес в ноябре. В 1883 году протекторат стал полным, согласно принятой в Марсе конвенции, в которой бей отказался от контроля над внешней политикой и взял обязательство проводить все административные, правовые и финансовые реформы, которые посчитает нужным французское правительство.