После захвата король Фердинанд Католик согласился с мнением испанского командира Педро Наварро, что Триполи, как Оран и Бужи, должен быть вновь заселен христианами и необходимо сразу приступить к захвату Туниса. Он начал подготовку к экспедиции, но был вынужден ее прекратить ввиду появления более важных дел. Чтобы побудить европейцев обосноваться в городе, им предлагались удобные дома, земля, освобождение от сборов и другие привилегии, но реакции не последовало. Поскольку мусульманское население разбежалось, а европейское так и не появилось, снизился объем торговли и основным доходом стал подушный налог размером в один дукат на каждого ввезенного или вывезенного раба. Прежняя венецианская торговля с внутренними территориями была переведена в Мисурату. Власть испанского гарнизона, разместившегося в замке, ограничивалась территорией в 10 миль вокруг города, и даже та далеко не всегда была действенной. Хотя экспедиция, посланная из Туниса Хафсидом, чтобы поддержать попытку жителей вернуть город, не имела успеха, к 1512 году у Триполи начали появляться турецкие суда, и Таджура, расположенная в нескольких милях к востоку от города, стала штаб-квартирой мусульманского сопротивления. Учитывая нехватку христианских поселенцев, мусульманам было предложено занять прежние жилища, и шейх Ибн Шараф, ранее сосланный на Сицилию, получил разрешение вернуться, чтобы стимулировать процесс. Представляется, что процесс не пошел, и в 1526 году сам шейх присоединился к соотечественникам в Таджуре. Тем временем Алжир стал территорией, зависимой от Турции под управлением Хайр ад-Дина, и к 1530 году последний был представлен в Таджуре турком, своим тезкой, который стал действовать как мусульманский лидер против христианских захватчиков. В том же году Карл V, передавая Мальту ордену рыцарей Святого Иоанна, изгнанному с Родоса в 1523 году, поставил условие, чтобы они взяли на себя размещение гарнизона в Триполи. Условие они приняли с большой неохотой. Их опасения оказались оправданными, и 21 год их оккупации (1530–1551) оказался затянувшимся периодом опасной и неблагодарной работы. Впрочем, предыдущие 20 лет оккупации были такими же для испанцев. В 1532 году турецкое присутствие в Таджуре заставило правителя Туниса послать другую экспедицию, на этот раз против сторонников Хайр ад-Дина. Она не получила поддержки местных мусульман, которые дали понять, что поклялись в верности великому турку и скорее позволят разрезать себя на куски, чем вернутся под власть Туниса. Тремя годами позже, когда Хафсид Мулей Хасан стал сателлитом испанцев, стало ясно, что надежды, возлагаемые на него рыцарями, не оправдались. Теперь он не мог изгнать турок даже из портов вблизи собственной столицы. Положение стало отчаянным, когда в регион прибыл турецкий корсар Драгут. В 1551 году гарнизон сдался Синан-паше, командовавшему турецким флотом, который был послан из Константинополя, чтобы атаковать город. К нему присоединился Драгут, после того как последнему удалось избежать испанской блокады в канале Джербы. Что касается защитников, сто рыцарей и сто из пятисот солдат были отпущены на свободу, а остальные уведены в рабство. Мусульман из вспомогательных частей казнили.
Правителем Триполи Синан-паша назначил Мурад-агу, евнуха из Рагузы, который с 1539 года был турецким командиром в Таджуре. Пятью годами позже (1556) его сменил Драгут, получивший чин
Организация