Одно из государств манде — Мали — образовалось в месте слияния верхнего Нигера и Санкарани. Его правители из династии Кейта использовали титул манса. Правитель Сон Джата перевел столицу в Ниани, дальше вверх по Санкарани. Благодаря серии военных кампаний 1250–1255 годов он покорил много мелких государств и построил самую сильную мусульманскую империю в истории Западного Судана. Империя Мали достигла зенита своего могущества в середине XIV века под властью правителя Гонго Муса (искаженное Канку Муса), который покорил Тимбукту (торговый город, основанный берберами в 1077 году) и Сонгай (на Нигере, к востоку от Тимбукту). Он совершил паломничество в Мекку в 1324–1325 годах и привез магрибских и египетских улемов в Ниани. Некоторые другие мансы делали то же самое. Они поддерживали безопасность на торговых путях и стимулировали развитие торговли, привнося элементы средиземноморской мусульманской цивилизации. Эти события, описанные Ибн Баттутой, который посетил Мали в 1352–1353 годах, повлияли только на государственную иерархию и не оставили отпечатка на суданской культуре[29]. Ибн Баттута дал понять, что ислам едва ли знали за пределами правящей группы. Империя Мали впоследствии пришла в упадок, и некоторые мелкие мусульманские государства, такие как Сонгай, снова вернули себе независимость. Власти Мали бросали вызов языческие племена мосси из района Верхней Вольты, создавшие сильную и развитую государственную структуру, а также берберы (туареги), отвоевавшие Тимбукту. В конце концов государство Мали было уничтожено войсками Сонгая.
Племя Сонгай со столицей в Гао сбросило иго Мали и достигло величия при правителе Ши Али Бере (1464/65—1492) из династии Сонни. При нем были завоеваны Тимбукту и Дженне. Хроники Тимбукту описывают его как жестокого тирана и также мусульманина, невежественного в исламе. В 1493 году трон узурпировал Мухаммед Тур, основатель сонгайской династии Аския. Он основал свою власть на исламе, а не на суданских символах власти, проявлял благосклонность к улемам, ввез магрибских шейхов и даже сделал попытку навязать шариат. В 1497 году он совершил паломничество в Мекку и был «утвержден в должности» правителя Такрура (это название обычно используется в арабских трудах для обозначения всего Западного Судана). При главенстве Сонгая процветала торговля, и Дженне стал особенно важным торговым центром. В это время начались первые контакты с португальцами, которые предположительно произносили Дженне как «Гвинея» и дали это название Западной Африке в целом. Мухаммед Тур не добился успеха, пытаясь навязать ислам военными и прочими средствами среди мосси (против которых он вел джихад), бамбара (языческий народ, говорящий на языке группы манде) и фульбе (фулани). Этот кочевой скотоводческий народ тогда обитал между регионами Фута-Торо на Сенегале и Масина на Нигере и в основном оставался языческим. Более того, ислам почти исчез среди мандинго из бывшей империи Мали, а всеобщие языческие культы, наоборот, распространились очень широко.
Империя Сонгай была ослаблена периодически возобновляющейся фракционной борьбой между преемниками Мухаммеда Тура. В 1591 году марокканский султан Ахмад аль-Мансур аль-Дахаби, заявив свои права на владение некоторыми соляными копями в Сахаре и мечтая о богатствах Сонгая, послал наземные войска численностью 3000 человек, в основном испанских мусульман под командованием Джудар-паши. Хотя за время марша их численность сократилась втрое, наличие стрелкового оружия позволило им легко справиться с армией Сонгая. Они захватили Гао и Дженне и устроили свою штаб-квартиру в Тимбукту. Марокканские паши контролировали сравнительно небольшой участок вдоль северной излучины Нигера. Они не получали подкрепления из дома и стали относительно независимыми. Их деспотическое правление завершилось около 1600 года. После этого в Тимбукту наступил упадок под властью туарегов, но Дженне сохранил некоторую коммерческую значимость.
Почти два века после марокканского вторжения не возникало никаких туземных мусульманских государств. Ислам оставался религией торговых городов, торговцев народов дьюла и сонинке, важная роль которых признавалась и поддерживалась лидерами языческих государств и племен. Даже сегодня в некоторых суданских регионах слова «торговец» и «мусульманин» считаются синонимами. Прежние территории Мали и Сонгая распались на сотни языческих деревень-государств. В стране манде язычники бамбара основали ряд важных государств в Сенегале в районе Сегу и Карта, а языческие государства мосси продолжали господствовать в регионе Верхней Вольты.