Эта просьба оказалась весьма кстати для султана, который как раз желал продемонстрировать свою власть. Для смещения Караманли он выбрал грузинского ренегата Али аль-Джазаири. Он служил капудан-рейсом в Алжире, был уволен и поселился в Константинополе вместе с братом, вице-адмиралом турецкого флота. С разрешения султана и при помощи брата Али аль-Джазаири взялся собрать силы, занять регентство, восстановить порядок и платить ежегодную дань Порте. В июле 1793 года он подошел к Триполи с небольшим вооруженным флотом под османским флагом и послал на берег чиновника с отрядом из четырехсот человек и фирманом, в котором было объявлено о смещении Али Караманли и назначении на его место Али аль-Джазаири. В заключение было сказано, что в случае сопротивления в Триполи прибудет сам капудан-паша с крупными силами. Али Караманли хотел сопротивляться, но не получил поддержки и бежал в направлении Туниса, прихватив с собой старшего сына Ахмада и небольшой эскорт. Али аль-Джазаири — местное население называло его Али Бургуль — решил обосноваться в замке. Ахмад, убедившись, что отец в безопасности, вернулся и вместе с братом Юсуфом сделал попытку отвоевать город. Попытка не удалась, и они последовали за пашой в Тунис. А новый правитель установил режим террора. Он не только тиранил народ Триполи, но захватил тунисское судно в гавани Триполи, послал отряд, чтобы занять Джербу, и угрожал напасть на морские порты восточного побережья Туниса. Это встревожило бея Туниса и подвигло его на действия. В ноябре 1794 года тунисские силы заняли Джербу и двинулись на Триполи. С ними были Ахмад и Юсуф. Осознав, что его положение безнадежно, узурпатор, убив пленных и заложников, бежал, не забыв взять с собой всю добычу, которую смог. Али-паша, восстановленный на троне, отрекся в пользу старшего сына, ставшего его преемником как Ахмад II (1795). Обратившись к Порте за формальным утверждением, Ахмад подчеркнул плохое управление Али Бургуля и сложившуюся в Триполи традицию правления династии Караманли, где власть переходит от отца к сыну. А пока он предался всяческим удовольствиям, особо злоупотребляя спиртными напитками. В итоге через шесть месяцев Юсуф объявил о смещении пьяницы и стал главой государства сам, получив одобрение народа и отца, прежнего паши. Смещенному Ахмаду предложили пост бея в Киренаике, который он принял. Но по пути его корабль попал в шторм и был отнесен на Мальту. Там Ахмад передумал и убыл в Тунис.
Весьма примечательно, что Юсуф Караманли (1795–1834), который убил старшего брата, выступил против отца и сместил с трона своего другого старшего брата, оказался дельным правителем, произведшим благоприятное впечатление на хорошо информированных европейских наблюдателей. «Справедливый, миролюбивый и либеральный принц», — говорил о нем голландский консул в Триполи. Испанец Бадия-и-Леблих считал, что новый правитель «привлекательный человек, не лишенный силы духа. Он хорошо говорит по-итальянски, любит показуху и роскошь, ведет себя учтиво и с достоинством, обладает приятными манерами. После десяти с половиной лет правления народ им доволен».
Под управлением Юсуфа регентство вернуло значительную часть своего былого процветания. Это произошло в основном из-за Наполеоновских войн, давших последний шанс старому каперству. Юсуф наживался, постоянно поддерживая Бонапарта. С другой стороны, он вступил в конфликт с Соединенными Штатами, с которыми находился в состоянии войны с 1801 до 1805 года. Во время попытки американской блокады триполийцы захватили фрегат «Филадельфия» со всем экипажем численностью триста человек. Когда европейские войны завершились, решения европейских держав, направленные против североафриканского каперства, а также обстоятельства, приведшие к повсеместному исчезновению небольших прибрежных городов-государств, создали совершенно новую ситуацию. Природные ресурсы Триполи были более ограниченными, чем у соседей. Французское вторжение в Алжир стало последним ударом. В 1834 году Юсуф отрекся в пользу своего сына Али II. Преемственность была оспорена, что дало туркам повод для интервенции, которую они считали — безусловно обоснованно — единственным способом предотвратить европейскую оккупацию и сохранить свою верховную власть. В 1835 году турецкий флот депортировал всех оставшихся Караманли и возобновил прямой турецкий контроль. На три четверти века Триполи, а с ним и Феццан и Киренаика стали турецкими провинциями, претерпев частичную модернизацию и разделив судьбу остальной части Османской империи.