Ориентация на философские школы и направления была разной. Для Александрии это все-таки традиция Платона и неоплатоников, для Антиохийской богословской школы – ориентация на Аристотеля. В Антиохийской школе было крайне настороженное отношение ко всякого рода аллегорическим истолкованиям Священного Писания, в то время как для школы Александрийской это было вполне приемлемо.
И эта разница во взглядах особенно ярко проявлялась в понимании главной загадки христианства: тайны Боговоплощения. Обе школы признавали Никейскую формулу единосущия Сына Отцу, но понимали ее по-разному. Антиохийцы говорили примерно так: божество Христа избрало своим сосудом или храмом человека Иисуса. Александрийцы же склонялись к таинственному соединению двух природ в одну единую ипостась. Несторий был родом из Антиохии.
Для богослова, христианина, воспитанного в традициях Антиохийской школы, было исключительно важным то, что написано в Евангелии об Иисусе Христе. Но Евангелие ведь только дает такие просветы, которые нас заставляют думать: да, мы имеем дело не с простым человеком, и не только с человеком – а ведь так-то мы имеем дело с Ним как с человеком. Поэтому несторианская идея, отделяющая ипостась Сына Божия от ипостаси, или лица, Сына Человеческого, Иисуса Христа, она, вероятно, открывает больше возможностей для буквального понимания евангельского текста и для более интимного восприятия Иисуса Христа – человек-то нам понятнее, чем Бог.
Сам Несторий утверждал, что в этом споре он выступил лишь миротворцем, который стремился найти золотую середину, то есть такую формулировку. которая не умаляла бы ни божественной, ни человеческой природы в Иисусе Христе, но на деле люди из его ближайшего окружения говорили на проповедях: «Пусть никто не называет Марию Богородицей, ибо Мария была человеком, а от человека Бог не может родиться», – и Несторий их не останавливал. Это вызвало протесты в Константинополе, а вскоре вести об этом дошли и до Александрии.
Теперь на александрийской кафедре был новый архиепископ, племянник Феофила, святитель Кирилл – выдающийся православный догматист и при этом, что непостижимо и удивительно, гонитель Иоанна Златоуста. Это именно он говорил: «Если Иоанн – епископ, то почему Иуда не апостол?» Кирилл одним из последних среди архиереев согласился вписать имя святителя Иоанна Златоуста обратно в диптихи Церкви, и то ради мира с Римом. Кирилл Александрийский был вообще очень противоречивой и яркой фигурой. С одной стороны, по стилю управления Церковью он больше напоминал политика, чем архиерея. Он все время участвовал в каких-то интригах, в каких-то заговорах; он на какие-то взятки потратил такое безумное количество денег, что после александрийское духовенство говорило, что он разорил Александрийскую епархию. С другой стороны, Кирилл Александрийский был выдающимся православным богословом, и его богословское наследие веками цитировалось в Церкви. Он оказался единственным, кто своим богословским ухом уловил и услышал искажение православной веры в речах константинопольского патриарха, произносимых под куполом Святой Софии. И он оказался единственным, кто на это отреагировал.
Кирилл Александрийский начал переписку с Несторием, в которой требовал признать термин «Богородица» и утверждал, что Несторий разделяет во Христе Бога и человека на две независимых личности. Несторий и правда говорил: «Нельзя же сказать, что Божество питалось молоком?» Затем на основании этой переписки Кирилл написал в Рим и, заручившись поддержкой папы, собрал в Александрии Собор, на котором осудил Нестория и провозгласил против него двенадцать анафематизмов.