Пока Мануил был на западе, стараясь убедить правителей Франции и Англии отправить войска на защиту его столицы, неожиданный союзник появился в Малой Азии. Тамерлан (Тимур), лидер монголов, прозванный «мечом ислама», в 1399–1400 гг. разорил Грузию, ограбил и сжег города Алеппо, Дамаск и Багдад. После этого он повернул на запад, чтобы атаковать султана Баязида. У Тамерлана было большое и дисциплинированное войско, организованное, как это было принято у монголов, в отряды по сто человек, и фанатично преданное джихаду. Столкновение произошло 28 июля 1402 г. в районе Анкары. Оттоманы были разбиты, а султан и его сын попали в плен. Баязид позже умер в плену. Успех Тамерлана шокировал и перепугал западных правителей. Генрих III Кастильский, Карл VI Французский и Генрих IV Английский поспешили поздравить победителя при Анкаре, который уничтожил их врага Баязида. Из Константинополя регент Иоанн VII Палеолог обещал выплатить дань, если Тимур-Тамерлан и дальше будет защищать Византию от турок. Христианам, окруженным в Константинополе, монголы сослужили великую службу, но никто не знал, что Тимур будет делать дальше. Но, уничтожив рыцарей-госпитальеров в Смирне, он вернулся на восток, чтобы покорить Китай. Так он мог подтвердить свое прозвище «покоритель мира».
После поражения 1402 г. Мануил вернулся в Константинополь, а в это время четыре сына Баязида начали борьбу за власть, которая завершилась в 1413 г., когда Мехмед I одержал победу над братьями и возобновил кампанию против Византии. Мануил заказал копию писаний Псевдо-Дионисия с хорошим групповым портретом императорской семьи и отправил ее в монастырь Сен-Дени, тем самым выразив благодарность Карлу VI. Но, когда началась оттоманская осада 1422 г., Константинополь так и не получил военной помощи. В том году Мануил перенес удар, и власть в Византийской империи, сосредоточившаяся в столице, переставшей быть «Царь-городом», поскольку не над кем было царствовать, перешла к Иоанну VIII. В 1453 г. внук Мехмеда I въехал в Константинополь как его завоеватель.
Создание Оттоманской империи заняло несколько столетий и было напрямую связано с Византией. По мере расширения владений оттоманов уменьшалась и слабела Византия. Долгий период, во время которого политическая вражда сменялась близкими отношениями, привел к взаимному влиянию. Византийские принцессы, отданные в жены турецкой знати, обеспечивали христианское присутствие при дворах султанов. Византийская система земельных наделов (
Это очевидно, судя по числу действовавших в Малой Азии митрополитов и епископов, которое резко уменьшилось, поскольку церкви превращались в мечети, церковная собственность отбиралась завоевателями, и христианские крестьяне сочли более безопасным для себя отказаться от своей веры и перейти в ислам. В речи, требующей, чтобы императоры спешно искали помощи Запада, Кидонис заявил: «Весь регион, который всегда поддерживал нас, от Геллеспонта до гор Армении, они отобрали. Они полностью уничтожили города, осквернили церкви, разграбили могилы, заполнили все вокруг кровью и трупами. Они даже отравили души жителей, вынудив их отказаться от истинного Бога и испачкаться в их грязи».[79]
Епископские престолы в европейских провинциях заменили традиционное господство Малой Азии в иерархии духовных центров. В 1324 г., когда константинопольский патриарх обратился за финансовой поддержкой, было названо только три главных престола: Кизик, Проконес и Лопадион. Многие клирики, назначенные в церкви Малой Азии, не могли жить в своих приходах и становились беженцами в столице, зависящими от поддержки патриарха. К концу XV в., согласно официальному списку церквей –