В.М. Мендрина глубоко интересует Япония, и он поступает в Восточный институт, где сразу же начинает специализироваться в области средневековой истории и литературы Японии. На материале летних командировок в Китай, в Японию (летом 1903 г.) он подготовил: перевод сочинения В.Г. Астона «История японской литературы» (перевод этот был опубликован не только в «Известиях Восточного института», но и отдельной книгой), исследование по грамматике японского разговорного языка, а также переведенное им с японского языка фольклорное наследие японского народа – сказки о животных «Нихон-мукаси-банаси», за которые был удостоен золотой медали.
Во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. В.М. Мендрин находился в действующей армии в чине есаула. Большую пользу русскому командованию В.М. Мендрин принес также тем, что в течение военных действий он состоял сначала в Мукденском, а затем в Гириньском военных комиссариатствах, где занимался главным образом ведением сношений с китайскими властями и населением, составлял расспросные карты, изготовлял многочисленные переводы с китайского языка и вел военную разведку с помощью китайцев. В.М. Мендрин был награжден орденом Св. Станислава с мечами и бантом и орденом Св. Анны III степени с мечами и бантом, медалями, в том числе «За Русско-японскую войну 1904–1905 гг.». При этом он настолько основательно овладел японским языком, что блестяще перевел шесть из 22 томов классического труда «Неофициальная история Японии» («Нихон гайси»), составленного историком Рай Санье в начале XVIII века. В.М. Мендрин написал введение, снабдил текст обширными историческими и лингвистическими комментариями.
На русском языке этот труд вышел во Владивостоке в 1910–1916 гг. под названием «Сиогун Сэйи Таисиогун Бакуфу Лингвистические и исторические очерки».
Профессор В.М. Мендрин является также автором известного учебника по письменному японскому стилю «Соробун. Анализ японского эпистолярного стиля» в 2 частях (Владивосток, 1910–1914), который вот уже много лет служит настольной книгой для молодых японоведов России.
С 1910 г. В.М. Мендрин состоял в числе штатных преподавателей Восточного института. Он ввел в широкий научный оборот термин «Сиогунат», ныне звучащий как «Сегунат».
В 1911 г. Мендрин поступил в аспирантуру «Дайгакуин» Токийского императорского университета. В деле его поступления большое участие принял российский посол в Токио Н.А. Малевский-Малевич. Сохранилось его письмо министру иностранных дел Японии графу Комуре:
«Мой дорогой граф! Русский ученый Мендрин, который посвятил себя изучению японского языка… обратился ко мне с просьбой получить для него разрешение посещать в Токийском Императорском университете занятия профессоров филологии и права. Зная Мендрина как человека, преданного науке, и безупречного характера, я прошу ваше превосходительство воспользоваться вашими заслугами перед своим коллегой из Министерства образования, чтобы Мендрин был принят в Императорский университет Токио для посещения вышеупомянутых занятий в течение нынешнего учебного года и также в следующем году».
Граф Комура ответил российскому послу: «Я постарался сразу же сообщить в Министерство содержание письма… которое ваше превосходительство направили мне по вопросу о желании Мендрина, русского ученого, быть допущенным посещать занятия в Токийском Императорском университете. Господин Комацубара только что сообщил мне, и я имею честь довести до вашего превосходительства, что было решено по его просьбе допустить Мендрина в Дайгакуан в качестве студента, изучающего литературу».
После выхода в отставку в чине войскового старшины (подполковника) Мендрин, помимо преподавания в Восточном институте, активно участвовал в общественной жизни Владивостока, избирался гласным (депутатом) Думы города.
Авторитет В.М. Мендрина был так высок, что когда в 1918 г. был организован Высший политехникум (впоследствии – Политехнический институт), его единодушно избрали первым ректором нового вуза.
Во Владивостоке наступили тяжелые времена, часто менялись власти. Приближался полный разгром белого движения на Дальнем Востоке. Сюда потянулись лучшие представители русской интеллигенции. В.М. Мендрин организовывает учебные курсы, создает при полном безденежье новые факультеты, но его здоровье не вынесло таких экстремальных нагрузок, сердце не выдержало, и он ушел из жизни 22 мая 1920 года, в возрасте всего лишь 45 лет…
Видимо, он не смог пережить своего отстранения от директорства в период объединения Высшего политехникума с Уральским горным институтом.
Скончался В.М. Мендрин во Владивостоке, похоронен на Покровском кладбище. Могила его не сохранилась. Его обширный научный архив утерян. В свое время в музее ДВГТУ, переданном в ДВФУ, сохранилось несколько книг, изданных еще при его жизни.
К сожалению, до сих пор удалось обнаружить не так много сведений об этом известном в свое время ученом-японоведе, безвременно ушедшем из жизни.
В советские годы имя его и труды замалчивали, а многие детали его биографии оставались неизвестными.