Не бездействовали в этой связи и руководители Белого движения России. А. В. Колчак составил план захвата Владивостока, для чего приступил к созданию флотилии на реке Сунгари. Японцам это не понравилось, так как им самим нужен был Владивосток. Готовясь к широкомасштабной интервенции на наших территориях, японцы начали всеми силами и способами препятствовать действиям Колчака, искавшего средства для организации сильной армии, способной противостоять большевикам на Дальнем Востоке и в Сибири. Такая русская армия могла бы не только препятствовать большевизму, но и помешать японским экспансионистским устремлениям. В перспективе, конечно, в ходе Гражданской войны обе силы были заинтересованы в сотрудничестве и в дальнейшем вынуждены были в военном отношении и организационно оказывать помощь друг другу.
Неприязнь к японцам, возникшая у А. В. Колчака еще в начале Русско-японской войны после гибели адмирала С. О. Макарова, оформилась окончательно, и он постоянно подчеркивал свое негативное отношение к подданным Японской империи и самой империи. Тем не менее обстоятельства требовали все-таки выяснить отношения с высшим японским военным командованием. Для этого Колчаку необходимо было отправиться в Японию.
29 июля 1918 года, после мятежа чехословаков, советская власть во Владивостоке была свергнута. 30 июня того же года Колчаку все же удалось выехать из Приморья и добраться до Японской империи, где он хотел разобраться с японцами и заручиться поддержкой в военном строительстве белых с представителями других западных держав. При посредничестве посла В. Н. Крупенского Колчак встретился с начальником Генерального штаба Японии генералом Ихарой и его заместителем Танакой. Встреча не принесла удовлетворения сторонам. Японские военные поняли, что Колчак, одержимый русской идеей, никакого давления на себя не потерпит, управлять собой не позволит и будет вести свою политику. Колчак, в свою очередь, осознал бесполезность поездки и то, что противоречия с японцами во Владивостоке преодолены не будут. Напротив, японские интервенты будут мешать его работе. Памятуя то, что Колчак уже лечился в японском военном госпитале в декабре 1904 года, японцы предложили ему задержаться в Японии для поправки здоровья на неопределенное время и тем самым прервать его активную деятельность хотя бы на время. Ответом был отказ. 16 сентября с помощью английского и французского резидентов А. В. Колчак все же покинул на пароходе Японию и вскоре прибыл во Владивосток.
Тем временем Верховный военный совет Антанты принял решение о расширении масштабов интервенции. 2 июля американцы от имени президента США предложили японцам ввести на территорию России 7 тысяч военнослужащих для помощи в эвакуации Чехословацкого корпуса. Парламент Японии увеличил это число почти вдвое и выдвинул условие, по которому японский контингент никому подчиняться не будет. К концу 1918 года Япония довела численность своих войск на оккупированных территориях почти до 75 тысяч, что составляло половину всех сил интервентов в России и более половины того, что имелось в распоряжении собственно японской армии, – без малого 11 пехотных дивизий. Эти цифры свидетельствуют о более чем серьезных намерениях японцев на континенте. Конечно, они не думали бороться за установление в России демократии и твердой единой власти, единого правительства, тем более о каких-то чехословаках, которых Антанта не очень торопилась эвакуировать, а только на благо Японской империи.
Самое интересное состоит в том, что комиссар Временного правительства России Русанов из Хабаровска на основе данных российской владивостокской контрразведки уже в мае 1917 года писал о большом числе японских шпионов, проникавших на нашу территорию. Это были агенты секретной полиции и жандармские чины, прибывавшие в Россию под видом рабочих из Кореи. Японская армия увеличивала свой численный состав на севере Корейского полуострова, накапливая там в стратегически важных пограничных пунктах с Россией вооружение, снаряжение и материалы. Как сообщал тот же комиссар, во Владивостоке при поддержке японского правительства предполагалось организовать Общество запасных для охраны и обеспечения членов местной японской колонии (телеграмма от 1 июля 1917 года за № 288). И уже в это же время во Владивосток планировалось направить японский крейсер.
После Приморья японцы, опираясь на белогвардейские формирования, начали продвижение вглубь Сибири и к октябрю 1918 года захватили Приамурье и Забайкалье. На Дальнем Востоке японцы вели себя не так, как «интервенты-европейцы», прикрывавшие свои действия красивыми словами о «спасении мировой культуры от нашествия большевистских варваров, помощи дружественным чехословакам или возрождении великой союзницы России». Они открыто шли грабить и всех, кто им мешал, убирали с пути самым решительным образом. Этому пыталось противостоять партизанское движение, которое развернулось на Дальнем Востоке против белых, казачьих атаманов и интервентов.