Однако сразу же после разгрома в Сибири Колчака советская власть предприняла меры по прекращению японского произвола на оккупированных землях. 6 апреля 1920 года на Дальнем Востоке была создана так называемая Дальневосточная республика, контролировавшая часть Забайкалья и Приамурье. Целью образования республики было избежание прямой конфронтации Советской России и Японской империи. Эта идея была принята Японией, желавшей как можно скорее превратить республику в свой протекторат с последующим отторжением в свою пользу данной территории. Конечной целью японцев было постепенное обособление всего Дальнего Востока от России. Но и Дальневосточная республика не могла остановить боевых действий противоборствующих сторон. Между партизанами, стоявшими на стороне Дальневосточной республики, и оккупационными войсками постоянно происходили инциденты, имевшие далекоидущие последствия. Одним из них был так называемый Николаевский инцидент («Нико дзикэн»).
События этого инцидента разворачивались в конце зимы – весной 1920 года, когда в России еще шла Гражданская война. Суть его заключалась в окружении дальневосточными партизанами под руководством Якова Тряпицына города Николаевска, расположенного на реке Амуре, оккупированного японскими интервентами в сентябре 1918 года и заселенного гражданскими японцами. Командир японского гарнизона из состава 14-й пехотной дивизии императорской армии Исикава, располагавший примерно 350 солдатами, опрометчиво разрешил во много раз превосходящим силам партизан (их было около четырех тысяч, и позже к ним присоединилось еще две тысячи человек) войти в город, после чего те, нарушив перемирие, начали уничтожение в нем белогвардейцев (белые отряды насчитывали приблизительно 300 человек), богатых людей, чиновников, врачей, судей и интеллигенции. Командир японского гарнизона потребовал выполнения перемирия, но Тряпицын, опасаясь прибытия подкрепления японцам, принял решение о нейтрализации или уничтожении японской группировки. Он предъявил ультимативное требование о разоружении гарнизона. В ответ на это японцы в ночь с 11 на 12 марта предприняли на партизан неожиданную атаку. Сначала удача сопутствовала японцам. Тряпицын был дважды ранен и даже просил своих товарищей застрелить его. Затем положение выправилось, и партизаны начали наступать. За четверо суток боев было убито около 500 партизан и уничтожены почти все японские военные (более 250 солдат), а японская колония (по разным данным, она насчитывала от 450 до 850 человек) практически вся истреблена. 15 марта прекратила сопротивление и капитулировала последняя группа японцев (более ста военнослужащих).
События в Николаевске потрясли Японию. В ответ на инцидент было принято решение о массированном военном вмешательстве. Основной удар на себя приняло «буферное государство» – Дальневосточная республика. В начале апреля 1920 года японцы напали на органы советской власти и военные гарнизоны ДВР.
Тряпицын был назначен командующим так называемым Охотским фронтом республики, и инцидент получил дальнейшее развитие в мае. Но вскоре силы партизан оказались изолированными в районе Николаевска. После этого 129 пленных японцев и другие арестованные были расстреляны, и Тряпицын устроил в городе массовый террор. По некоторым данным, было убито около 15 тысяч жителей Николаевска. Уничтожались все подряд – большевики, подозрительные, «заговорщики», которые якобы хотели убить Тряпицына, в том числе и его ближайшие боевые товарищи и соратники. В довершение ко всему командир партизан приказал сжечь город. Ситуация стала неуправляемой и потребовала вмешательства руководства республики. К тому же и японское правительство обратилось к большевистским лидерам Москвы. По постановлению областного исполкома Дальневосточной республики Тряпицын и люди из его штаба были арестованы и преданы суду. Суд был скорым и простым голосованием постановил Тряпицына и его сожительницу, начальника штаба Охотского фронта Нину Лебедеву-Кияшко, расстрелять.