9 декабря японское командование предъявило силам, оборонявшим Нанкин, ультиматум, в соответствии с которым им надлежало сдаться на милость победителя в течение 24 часов. Ответа на ультиматум от китайского командования не последовало.
Озлобленные сопротивлением китайцев в битве за Шанхай, японцы начали наступление на город и его окрестности с особым рвением. При этом на занятых территориях японские военнослужащие в «лучших» самурайских традициях феодальных времен и с особой жестокостью разделывались с побежденными. Со сдавшимся в плен, разоруженным и поверженным врагом можно было делать все, что угодно, как в Средние века, тем более что этому не препятствовало командование.
В пригородах Нанкина и в самом городе после его взятия 13 декабря 1937 года началась настоящая резня, продолжавшаяся шесть недель. В этом смертельном действе войны массово гибли не только военнопленные, но и гражданское население. Десятки тысяч женщин и детей были изнасилованы и зверски после этого убиты японскими солдатами; грабежи и случаи мародерства исчислялись многими десятками тысяч.
Военное японское командование засекретило точное число жертв нанкинской трагедии. Послевоенный трибунал для Дальнего Востока определил количество убитых в Нанкине в 200 тысяч человек. Однако китайские данные увеличивают его до 300 тысяч.
Всякая война многих военнослужащих очень часто превращает в звероподобные существа, особенно если их действия связаны с полной безнаказанностью. Одного из командующих японскими войсками, принца Асаканомию Ясухико, обвиняют в том, что он подписал для японских солдат в Нанкине приказ «убить всех пленных».
Безнаказанность в Нанкине в этой связи, очевидно, дала истории особый вид военных преступников. Лейтенанты Мукаи Тосиаки и Нода Цуёси из 16-й дивизии императорской армии во время боев за Нанкин и его взятия устроили между собой соревнование в изощренном, совершенно необоснованном и ненужном убийстве людей. Оно состояло в том, чтобы как можно быстрее зарубить самурайскими мечами 100 человек. Офицеры так увлеклись в наборе очков, что не заметили, кто первым зарубил 100 китайцев, поэтому соревнование решено было продолжать и дальше, до 150 убитых.
С июля 1937 по октябрь 1938 года японцы оккупировали весь Северный Китай, большую часть Центрального Китая, включая Нанкин и Ухань, а также ряд важных районов юга страны, в том числе Гуанчжоу (Кантон). К концу 1938 года все наиболее развитые в экономическом отношении области Восточного Китая оказались в руках японцев. В 1939 году оккупации подвергся остров Хайнань.
Одновременно с довольно успешными операциями в Китае японское военное командование решило проверить боеспособность советских и монгольских войск. Опыт военных действий с русскими у японцев уже был. Они победили царскую армию в японско-русской войне 1904–1905 годов и в трудное время иностранной интервенции довольно легко провели «Сибирскую экспедицию» 1918–1920 годов в Приморье, Приамурье и Забайкалье. С Дальневосточной республикой серьезных проблем тоже не было. Японским интервентам противостояли только партизаны. Плацдарм для нападения был уже подготовлен. Во Внутренней Монголии, в провинциях Чахар, Жехэ и Суйюань, японцы создали аналогичное Маньчжоу-Го марионеточное государство Мэнцзян («Пограничные земли Монголии»), которое возглавил князь из династии Чингисидов Дэ Ван Дэмчигдонров.
В ноябре 1937 года Дэ Ван провозгласил «полную независимость Мэнцзяна от Китая» и подписал с Маньчжоу-Го соглашение о сотрудничестве. Кроме Маньчжоу-Го и Мэнцзяна, японцы на китайской территории создали еще во всем послушную им Китайскую республику (в 1937 году в Пекине было провозглашено Временное правительство Китайской республики; в 1938 году в Нанкине – Реформированное правительство Китайской республики; с 1940 по 1945 год в Китайской республике правил коллаборационистский гоминьдановский режим Ван Цзивэя). Тыл был полностью обеспечен. Пути продвижения на северо-запад японцам были определены и известны. Милитаристам Японии задача казалась простой. Следовало организовать, как всегда, какой-либо инцидент, крупными силами поддержать участвовавших в нем солдат японской армии и при численном перевесе войск опять начать захват тех территорий, которые были заняты японцами в 1918–1920 годах. Далее, по южным областям сибирской России следовало двигаться в западном направлении к Уралу, как это планировалось ранее, во время Гражданской войны, и как это японцы осуществляли при продвижении в Китае, слабом и нестабильном государстве, раздираемом многие годы борьбой за власть, с разобщенным населением (основными противниками в то время являлись Китайская национальная народная партия (Гоминьдан) и Коммунистическая партия Китая).