Проблема с гражданской администрацией и тем, как она взаимодействовала с военными властями, имела финансовый и кадровый характер. Перенос столицы из Москвы в Санкт-Петербург усложнил координирование действий между приказами и канцеляриями, существовавшими теперь в обоих этих городах; кроме того, в результате Областной реформы многие чиновники из старой и новой столиц были направлены на службу в провинции. Положение дел усугублялось нехваткой квалифицированных административных кадров. Отчасти это было связано с тем, что, по замыслу Петра, в открытых им школах делался акцент на математических и инженерных науках, необходимых для получения офицерского чина. Для детей из высших сословий были открыты Школа математических и навигацких наук и Морская академия. Дети из незнатных сословий учились в цифирных и гарнизонных школах. Однако выпускники соответствующих заведений редко поступали на гражданскую службу. Вместо этого русский бюрократический аппарат по-прежнему пополнялся дьячими и подьячими сыновьями, и очень немногие выбирали карьеру чиновника, а не военного. Дети духовенства, которые могли бы стать основой нового класса чиновников, во время Северной войны в массовом порядке призывались на военную службу. Обучиться грамоте можно было лишь в немногих частных заведениях – в частности, в иезуитской и немецкой школах в Москве. Препятствием на пути создания нового бюрократического аппарата было еще и то, что гражданские чиновники обладали низким социальным статусом. Представители знатных сословий считали службу на младших административных должностях унизительной для себя. Вместе с тем они были против того, чтобы простолюдины, пробивавшиеся из низов, получали доступ к высоким постам в бюрократической иерархии [LeDonne 1991: 13–14; Kimmerling-Wirtschafter 1982: 90]305. На самом деле, с 1690 по 1715 год число чиновников, состоявших на гражданской службе, неуклонно уменьшалось, и превысило показатели XVII столетия лишь в самом конце правления Петра I [Медушевский 1994: 76].
Другим важным фактором, мешавшим нормальному функционированию этого бюрократического аппарата, был финансовый. Переезд в Санкт-Петербург сильно ударил по кошельку приказных людей, которые лишились своих прежних связей, домов и земель под Москвой, полученных за долгие годы службы. Их жалованье к 1710 году выросло на 50 %, однако и инфляция была высока, и очень много денег уходило на содержание новых иностранных специалистов. Для чиновников низшего административного звена средств попросту не хватало. Разумеется, в таких условиях расцвели взяточничество, кумовство и прочие злоупотребления – все это помогало чиновникам выживать, но вряд ли способствовало нормальному функционированию бюрократической машины. Не помогало делу и то, что Петр и его сподвижники, уделявшие огромное внимание военным делам, в вопросах гражданской администрации были далеко не так придирчивы и последовательны [Медушевский 1994: 77–81]306.
Помимо кадровых и финансовых трудностей эффективной работе бюрократического аппарата мешало несовершенство новой губернской системы. Во-первых, фактическое положение дел в различных губерниях было разным. Во-вторых, после проведения Областной реформы значение центральных органов управления сильно упало. Более того, некоторые канцелярии подчинялись губернатору Московской губернии. Кроме того, не считая губернаторов и их ближайшего окружения, все прежние региональные чиновники, как правило, остались на своих местах и продолжили работать по старинке. Вместо воевод теперь были коменданты, однако зачастую менялось только название должности, но не человек, ее занимавший. Белгородский разряд, вошедший в состав Киевской губернии, частично сохранил свою автономию даже после того, как Военный приказ, которому он подчинялся, был упразднен и его функции перешли к Главной военной канцелярии. Снабжение и содержание войск в провинции по-прежнему зависело не только от эффективной работы чиновников, но и от того, насколько тесными были связи командиров этих полков с местными властями [Brown 1992: 19; LeDonne 1991: 78–79; Hughes 2002: 115].