Однако такое колоссальное увеличение численного состава русских вооруженных сил вызвало множество трудностей. На плечи многострадального русского крестьянства была возложена еще одна тяжелая ноша. Лишившиеся рабочих рук крестьянские хозяйства по-прежнему обязаны были выплачивать в казну большие налоги, а иногда и платить подати своим хозяевам, тоже «прибранным» на службу. Крепостные стали часто пускаться в бегство, и русская экономика оказалась в кризисе; в результате этого после 1660 года нормы набора были несколько уменьшены.
Введение массовой воинской повинности привело к существенным бюрократическим и инфраструктурным изменениям в Русском государстве. Казна обязана была содержать солдат, служащих вдали от дома, и выделяемые на это средства были довольно значительными. Пехотинцы получали хлебное и денежное жалованье; кроме того, во время кампаний их надо было обеспечивать оружием (шпагами, пиками, ручными гранатами, латами и мушкетами) и снаряжением. Огнестрельное оружие тщательно охранялось и находилось в ведении особого «дозорщика над оружием» (каптенармуса), который выдавал мушкеты солдатам непосредственно перед боем. Муштрой и обучением солдат стрельбе занимались в основном иноземные офицеры, чьи услуги обходились русской казне недешево. Кроме того, в полках «нового строя» была своя артиллерия [Беляев 1846б: 59; Hellie 1972: 196]. Однако, как и в случае с рейтарскими полками, далеко не все солдатские полки, принимавшие участие в Тринадцатилетней войне, представляли собой постоянные части. Солдаты получали жалованье, только находясь на действительной (полковой) службе. По окончании военной кампании крепостные возвращались к своим хозяевам. Помещикам нередко предписывалось оплачивать расходы на отправку крестьян в расположение армии, а иногда даже и их содержание во время кампании147. Денежного жалованья, выделяемого пехотинцам, не хватало для покупки дорогостоящего продовольствия на прифронтовых территориях; поэтому, как и большинство армий того времени, русские во многом полагались на фуражировку148. Некоторые солдаты получали от государства вместо жалованья земельные наделы. Часть полков «нового строя» была не полностью укомплектована и недостаточно обучена.
Главным вопросом, который должно было решить русское правительство для того, чтобы сохранить свою новосозданную большую армию, стало изыскание средств для ее содержания и снабжения. В недалеком прошлом, во время Смоленской войны, Русское государство уже столкнулось с такой проблемой, и тогда все закончилось роспуском полков «нового строя» всего через два года боевых действий. Подсчитано, что на содержание своих вооруженных сил в 1650-х годах – то есть еще до масштабных реформ – русская казна тратила свыше 3 млн рублей. Позднее во время войны один только офицерский корпус и два элитных постоянных полка «нового строя» обходились России в четверть миллиона рублей. Несмотря на все финансовые ухищрения царского правительства, содержание столь быстро растущей армии нового типа стоило после 1658 года Русскому государству, мягко говоря, недешево. К 1663 году только на действующую армию тратилось вчетверо больше средств, чем в 1630 году. Доходы Русского государства в 1660-е годы можно подсчитать только приблизительно, поскольку сводный бюджет России стал составляться не раньше 1680-х годов. Тем не менее очевидно, что военные расходы были огромными и едва ли посильными для национальной экономики того времени [Сташевский 1912: 416, 439; Hellie 2002: Table 21]149.