Внешне это выглядело так — Попов пригрозил отставкой для того, чтобы устранить препятствия с пути московских реформ. На Ельцина со всех сторон началось давление. Общество тогда поддерживало реформы, оно в них верило. Казалось, что президент уступил. Вышел его указ, предоставляющий мэру Москвы дополнительные полномочия «на период проведения радикальной экономической реформы». В соответствии с этим указом мэр мог проводить в городе ускоренную приватизацию по собственным правилам и графику, «самостоятельно образовывать и распоряжаться внебюджетными фондами» — то есть без участия Моссовета, определять товары, которые должны будут продаваться в Москве по свободным или регулируемым ценам, управлять землями и муниципальным имуществом города, предоставлять земельные участки. Помимо этого, указ увеличивал бюджет столицы, было установлено, что в бюджет должно отчисляться 15 процентов налога на прибыль и до 5 процентов на добавленную стоимость, взимаемых на территории Москвы.
Мэрия Москвы получила тогда небывалые полномочия по управлению городским хозяйством. Тогда казалось, что если мэр сможет избежать ошибок российского правительства, то Москва станет островом стабильности и процветания. И вот начался 1992 год — год так называемой радикальной экономической реформы под руководством Е.Т. Гайдара. Премьер нового правительства «лаборантских мальчиков», по меткому выражению публицистов, ставил целью реформы достижение бездефицитного бюджета и укрепление рубля путем либерализации цен, установления повышенного налогообложения, сокращения социальных программ. Закономерным результатом всего этого стал взрыв инфляции, падение уровня промышленного производства (пропорционально росту цен), а вместе с ним и уровня жизни россиян.
В июне 1992 года Г.Х. Попов окончательно уже уходит с поста мэра, оставляя в преемниках Ю.М. Лужкова. Пресса разразилась комментариями. Большинство были в русле «Правды» и «Советской России», обвинявших не раз Попова в коррупции. Никого не устроило официальное объяснение мэра причины отставки тем обстоятельством, что российское законодательство запрещает совмещение постов мэра и руководителя политического движения (Попов в январе 1992 года был избран председателем Российского движения демократических реформ). В средствах массовой информации были высказаны различные догадки и версии отставки, достаточно далекие от истины.
Действительно, причины, побудившие Попова уйти в отставку, были гораздо глубже, чем его официальная версия. Объяснил он их позже, а тогда решил не касаться их.
Московские реформы, начатые Поповым вместе с Правительством Лужкова, во многом были более продуманными, чем российские, а главное — исходили вообще из других принципов. Возьмем, например, конфликт между Мэрией Москвы и российским Правительством по приватизации. Поначалу Правительство России занималось продажей государственной собственности через аукционы. Попов всегда был категорически против этого. Впоследствии приватизацию «по Гайдару-Боровому» пришлось отменить на российском уровне. Была утверждена чековая схема разгосударствления собственности, автором которой когда-то был Попов. Но как всегда в нашем Отечестве, произошло это с большим опозданием, приватизировать было уже нечего, а инфляция «скушала» номинальную сумму чека в 10 тысяч рублей. Но даже эти мизерные «ваучеры» большинство россиян потеряло в недрах специально созданных липовых фондов и компаний, во всевозможных «гермесах» и «аввах».
Разногласия были у Попова с российским «реформправительством» и по поводу налогов. У Мэрии было право пополнять бюджет города за счет дополнительных налогов, установленных сверх российских. Но уровень российского налога на добавленную стоимость лишал предприятия всякой прибыли. Москве облагать налогами было уже нечего. По образному выражению бывшего мэра: «Россия так постригла шерсть, что городу остается разве что сдирать кожу».
Абсолютно неприемлемой для Попова была политика правительства Гайдара в отношении социальной защиты населения. Вся тяжесть «шока» ложилась на народ, за счет которого обеспечивалась так называемая бездефицитность бюджета. Как экономист, прекрасно знающий систему, которую предстояло реформировать (напомним, он неоднократно участвовал в таких попытках еще в советское время), Попов прекрасно видел все недостатки модели реформ Международного валютного фонда, взятую за основу Гайдаром, а твердость Гайдара в осуществлении этого курса назвал «твердостью безразличного к людям теоретика».
С курсом правительства Гайдара во внешней политике России Попов также был не согласен, считал его негибким, примитивным, наносящим ущерб экономике страны. Он был и против принятой модели национального устройства России. Вспомним работу «Что делать?», в которой Гавриил Харитонович предлагал провести «дефедерализацию» страны. Попов исходил из того, что сама большевистская идея федерализма на основе национально-территориальных образований противоречит всей истории России, устроенной по губернскому принципу.